183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0873 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  73.35 
 
 		 449 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  100 
 
 		 449 aa  888    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  72.81 
 
 		 454 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  67.18 
 
 		 447 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  61.04 
 
 		 452 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  57.73 
 
 		 453 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  32.01 
 
 		 997 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  35.23 
 
 		 258 aa  120  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  36.22 
 
 		 250 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.97 
 
 		 248 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  37.79 
 
 		 261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  38.78 
 
 		 206 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  38.87 
 
 		 240 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  40.78 
 
 		 207 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  34.56 
 
 		 206 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.27 
 
 		 207 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  40.31 
 
 		 207 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  39.71 
 
 		 207 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  39.11 
 
 		 240 aa  113  8.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  34.31 
 
 		 250 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  38.35 
 
 		 207 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  33.9 
 
 		 225 aa  109  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  36.78 
 
 		 243 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  38.33 
 
 		 251 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  39.33 
 
 		 245 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  33.2 
 
 		 244 aa  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  37.69 
 
 		 236 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  38.54 
 
 		 212 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  31.65 
 
 		 228 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  37.4 
 
 		 237 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  37.34 
 
 		 241 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  34.84 
 
 		 206 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  33.94 
 
 		 254 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  35.75 
 
 		 245 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  37 
 
 		 238 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.76 
 
 		 255 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  36.44 
 
 		 243 aa  99.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  35.05 
 
 		 240 aa  99.4  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  35.51 
 
 		 246 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  36.1 
 
 		 232 aa  96.7  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  30.51 
 
 		 230 aa  95.5  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  30.51 
 
 		 230 aa  95.5  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  35.86 
 
 		 247 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  36.9 
 
 		 248 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  36.7 
 
 		 710 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  37 
 
 		 242 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  36.78 
 
 		 274 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  32.18 
 
 		 229 aa  93.6  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  35.74 
 
 		 236 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  35.24 
 
 		 258 aa  91.3  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  36.55 
 
 		 674 aa  90.9  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  36.21 
 
 		 692 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  35.58 
 
 		 570 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  36.45 
 
 		 234 aa  90.1  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  32.63 
 
 		 229 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  36.1 
 
 		 241 aa  87.8  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.86 
 
 		 239 aa  88.2  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  34.43 
 
 		 689 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.47 
 
 		 254 aa  88.2  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  36.23 
 
 		 237 aa  87.4  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  33.94 
 
 		 724 aa  86.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.39 
 
 		 236 aa  86.7  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  29.67 
 
 		 228 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  32.93 
 
 		 237 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.09 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  30.14 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  33.63 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  35.5 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  26.62 
 
 		 570 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  33.8 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  30.94 
 
 		 693 aa  83.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  38.38 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.34 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  35.17 
 
 		 652 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  38.27 
 
 		 277 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.09 
 
 		 213 aa  82.8  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  34.72 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  38.27 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  28.76 
 
 		 566 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  32.27 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  33.18 
 
 		 670 aa  81.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  36.12 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  28.77 
 
 		 571 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  31.08 
 
 		 288 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  34.47 
 
 		 251 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  29.91 
 
 		 559 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  36.6 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3164  porin  33.85 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.393923  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  29.82 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  30.61 
 
 		 665 aa  76.6  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  33.07 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  32.08 
 
 		 661 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  30.27 
 
 		 561 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  35.15 
 
 		 274 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4376  putative outer-membrane protein  32.76 
 
 		 260 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.36541  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  34.73 
 
 		 274 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  32.53 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  32.08 
 
 		 662 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  34.31 
 
 		 274 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.37 
 
 		 193 aa  75.1  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>