More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2711 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  77.14 
 
 		 497 aa  743    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  100 
 
 		 493 aa  992    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  59.67 
 
 		 488 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  60.05 
 
 		 478 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  57.72 
 
 		 484 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  51.83 
 
 		 441 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.74 
 
 		 453 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.47 
 
 		 450 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  51.38 
 
 		 434 aa  363  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.9 
 
 		 512 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  44.87 
 
 		 442 aa  347  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.25 
 
 		 405 aa  335  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.24 
 
 		 489 aa  333  5e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.8 
 
 		 447 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.93 
 
 		 469 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  44.79 
 
 		 451 aa  317  3e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.95 
 
 		 491 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.33 
 
 		 446 aa  309  6.999999999999999e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.09 
 
 		 480 aa  301  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.78 
 
 		 484 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.21 
 
 		 468 aa  292  8e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0258  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.96 
 
 		 539 aa  291  1e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17913  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2439  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.34 
 
 		 443 aa  291  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.690734 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  42.17 
 
 		 437 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.99 
 
 		 461 aa  250  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  37.39 
 
 		 440 aa  247  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  35.66 
 
 		 482 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  35.81 
 
 		 481 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  34.91 
 
 		 449 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.39 
 
 		 450 aa  239  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.44 
 
 		 477 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.8 
 
 		 479 aa  236  8e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  35.71 
 
 		 435 aa  232  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  35.62 
 
 		 435 aa  232  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.36 
 
 		 453 aa  232  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.8 
 
 		 477 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.56 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  35.48 
 
 		 435 aa  230  4e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.73 
 
 		 445 aa  230  5e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  35.48 
 
 		 435 aa  230  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.18 
 
 		 446 aa  229  7e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  33.1 
 
 		 479 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.56 
 
 		 477 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.38 
 
 		 436 aa  226  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  32.97 
 
 		 470 aa  226  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0139  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.92 
 
 		 616 aa  225  1e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2047  type I secretion outer membrane protein  33.92 
 
 		 616 aa  225  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  35.68 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  35.8 
 
 		 448 aa  224  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  33.33 
 
 		 462 aa  224  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.89 
 
 		 478 aa  223  9e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.41 
 
 		 498 aa  222  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  34.08 
 
 		 442 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.29 
 
 		 491 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.54 
 
 		 494 aa  221  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  37.02 
 
 		 449 aa  221  3e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  32.81 
 
 		 454 aa  221  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  33.8 
 
 		 469 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.34 
 
 		 480 aa  220  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  34.76 
 
 		 435 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  34.76 
 
 		 435 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  34.76 
 
 		 435 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.13 
 
 		 456 aa  217  4e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  35.2 
 
 		 434 aa  216  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3453  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.68 
 
 		 432 aa  216  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  32.89 
 
 		 493 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.89 
 
 		 493 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  32.89 
 
 		 493 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  34.99 
 
 		 435 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  32.89 
 
 		 495 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  32.89 
 
 		 493 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  32.89 
 
 		 495 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  34.47 
 
 		 441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  32.89 
 
 		 493 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  33.56 
 
 		 438 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  33.02 
 
 		 463 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  32.67 
 
 		 493 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  35.24 
 
 		 431 aa  213  7.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0744  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.18 
 
 		 449 aa  212  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.291612  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  32.67 
 
 		 495 aa  212  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  32.95 
 
 		 432 aa  211  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  33.71 
 
 		 445 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.46 
 
 		 456 aa  209  8e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  32.51 
 
 		 494 aa  209  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  33.72 
 
 		 443 aa  207  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  32.66 
 
 		 489 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  32.44 
 
 		 489 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  32.44 
 
 		 489 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  32.44 
 
 		 489 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  32.44 
 
 		 489 aa  206  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.19 
 
 		 442 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  32.09 
 
 		 463 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  33.33 
 
 		 465 aa  205  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  32.41 
 
 		 441 aa  204  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  32.63 
 
 		 464 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0056  porin (omp) ABC transporter protein  36.19 
 
 		 460 aa  204  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.25 
 
 		 455 aa  204  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0733  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.47 
 
 		 434 aa  204  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  32.63 
 
 		 464 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  31.21 
 
 		 455 aa  204  4e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>