More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1939 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  624  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  52.16 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 295 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15240  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000000000510266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 292 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0609  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 292 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5054  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 293 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3313  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 293 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5230  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208833  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  32.12 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 292 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.62 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  32.48 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 304 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  31.49 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  34.51 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  34.51 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.57 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  27.59 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  27.59 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  27.59 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.1 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  32.66 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.18 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 295 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  28.99 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>