51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1231 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1231  hypothetical protein  100 
 
 		 570 aa  1127    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3186  hypothetical protein  29.7 
 
 		 644 aa  155  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3185  TPR repeat-containing protein  39.64 
 
 		 469 aa  136  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2941  hypothetical protein  41.18 
 
 		 286 aa  100  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0204  TIR protein  37.4 
 
 		 360 aa  92.4  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00447425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0902  hypothetical protein  37.19 
 
 		 586 aa  87.8  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.530608  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3998  hypothetical protein  41.67 
 
 		 478 aa  87.8  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1939  glycoside hydrolase family 16  36.13 
 
 		 566 aa  85.9  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000600804  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1942  protein of unknown function DUF323  37.7 
 
 		 517 aa  85.5  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00637394  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2479  protein of unknown function DUF323  36.7 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2233  protein of unknown function DUF323  36.7 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00201731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1040  protein of unknown function DUF323  32.77 
 
 		 517 aa  81.6  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0229948  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3920  helix-turn-helix, AraC type  31.76 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.597723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3808  PASTA domain-containing protein  33.64 
 
 		 485 aa  60.8  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.309387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5120  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  34.52 
 
 		 490 aa  56.6  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2653  TIR protein  34.04 
 
 		 354 aa  56.6  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3348  hypothetical protein  33.68 
 
 		 323 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.757656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4184  sensor protein  28 
 
 		 1048 aa  52.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00072831 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0257  hypothetical protein  32.32 
 
 		 404 aa  52  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.32081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  36.05 
 
 		 947 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6751  WD-40 repeat-containing protein  31.94 
 
 		 540 aa  51.6  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  35 
 
 		 1526 aa  51.6  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1486  hypothetical protein  29.85 
 
 		 705 aa  50.8  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0545  hypothetical protein  32.73 
 
 		 969 aa  50.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.963711 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5434  TIR protein  29 
 
 		 413 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363832  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3012  hypothetical protein  33.33 
 
 		 314 aa  48.9  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  32.63 
 
 		 1363 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2742  TIR protein  32.93 
 
 		 320 aa  47.8  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000609469  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  28.15 
 
 		 1656 aa  47.4  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0104  hypothetical protein  33.62 
 
 		 386 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4289  hypothetical protein  32.18 
 
 		 137 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1565  restriction endonuclease  27.18 
 
 		 290 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.380893 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0319  TIR protein  29.57 
 
 		 157 aa  47  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0382  hypothetical protein  25 
 
 		 490 aa  47  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.854093 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5337  TIR protein  32.1 
 
 		 385 aa  47  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.78 
 
 		 639 aa  46.6  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3566  hypothetical protein  33.61 
 
 		 272 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1105  TPR repeat-containing protein  34.65 
 
 		 911 aa  45.8  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6388  putative ATP/GTP binding protein  34.17 
 
 		 161 aa  45.8  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.124755 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  31.18 
 
 		 1348 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1951  tetratricopeptide TPR_4  30.6 
 
 		 358 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.202218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2378  WD-40 repeat protein  28.28 
 
 		 1016 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2429  WD-40 repeat protein  28.28 
 
 		 1016 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0066  hypothetical protein  33.66 
 
 		 384 aa  45.4  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2455  tetratricopeptide TPR_4  31.53 
 
 		 829 aa  44.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0262289  normal  0.779517 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2917  SEFIR domain protein  33.33 
 
 		 1611 aa  45.1  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.362761  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3449  tetratricopeptide TPR_4  30.71 
 
 		 1056 aa  44.7  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0502975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4082  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 492 aa  44.3  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1508  WD-40 repeat protein  30.77 
 
 		 1373 aa  44.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000517344 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0031  TIR protein  32.2 
 
 		 544 aa  44.3  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0876  putative ATP/GTP binding protein  34.96 
 
 		 934 aa  43.9  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.486625 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>