54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5434 on replicon NC_011758
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011758  Mchl_5434  TIR protein  100 
 
 
413 aa  840    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363832  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0257  hypothetical protein  49.14 
 
 
404 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.32081  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3012  hypothetical protein  30.99 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4630  TIR protein  31.88 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.788158  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  39.09 
 
 
1526 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1263  TIR protein  31.3 
 
 
255 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0901664  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0113  TIR protein  26.52 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0221539  hitchhiker  0.00922586 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3474  Toll-interleukin receptor  24.43 
 
 
311 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.593743  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3804  TIR protein  34.82 
 
 
374 aa  63.5  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.213149  normal  0.0124229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2310  TIR protein  29.73 
 
 
293 aa  59.7  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000002638 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  27.5 
 
 
1363 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1496  TIR protein  31.3 
 
 
283 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.539335  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1472  Toll-interleukin receptor  31.3 
 
 
283 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2941  hypothetical protein  33.09 
 
 
286 aa  57  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0047  hypothetical protein  35.24 
 
 
234 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000487124  normal  0.972099 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0020  hypothetical protein  32.65 
 
 
239 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.199965 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0263  hypothetical protein  24.62 
 
 
275 aa  56.2  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.425608  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2269  hypothetical protein  28.36 
 
 
541 aa  55.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0213435  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1565  restriction endonuclease  27.89 
 
 
290 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.380893 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  27.27 
 
 
1348 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2995  Toll-interleukin receptor  32.43 
 
 
374 aa  53.9  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.462352 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2917  SEFIR domain protein  28.85 
 
 
1611 aa  53.1  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.362761  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0893  pentapeptide repeat-containing protein  26.79 
 
 
357 aa  53.1  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.417756  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4184  sensor protein  27.62 
 
 
1048 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072831 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1061  hypothetical protein  40 
 
 
243 aa  52.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.354212  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3546  hypothetical protein  32.29 
 
 
131 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.222814  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2375  hypothetical protein  26.42 
 
 
303 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000173875  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2218  TPR repeat-containing protein  34.67 
 
 
842 aa  50.8  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  unclonable  0.000600865  normal  0.100568 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1508  WD-40 repeat protein  29.46 
 
 
1373 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000517344 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1430  putative lipoprotein  32.26 
 
 
227 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3142  hypothetical protein  30.28 
 
 
231 aa  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2632  hypothetical protein  26.42 
 
 
292 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0804  TIR protein  37.7 
 
 
265 aa  49.3  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.859929  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1885  SEFIR domain protein  22.35 
 
 
549 aa  49.7  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0971  hypothetical protein  36.92 
 
 
242 aa  48.9  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3999  TIR protein  26.58 
 
 
797 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.703882 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6700  hypothetical protein  28.85 
 
 
306 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0587904 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1231  hypothetical protein  33.77 
 
 
570 aa  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3704  putative lipoprotein  35.38 
 
 
233 aa  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  26.67 
 
 
1656 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1939  glycoside hydrolase family 16  30.68 
 
 
566 aa  47.8  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000600804  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5375  hypothetical protein  29.17 
 
 
233 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000248774  hitchhiker  0.0000712008 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5120  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  32.39 
 
 
490 aa  47  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3018  hypothetical protein  26.39 
 
 
441 aa  47  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  decreased coverage  0.00034439  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4785  hypothetical protein  32.05 
 
 
84 aa  46.6  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0319  TIR protein  28.33 
 
 
157 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0275  SEFIR domain-containing protein  23.5 
 
 
290 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4289  hypothetical protein  30.77 
 
 
137 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2658  hypothetical protein  33.8 
 
 
86 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1220  pentapeptide repeat protein  26.39 
 
 
441 aa  44.3  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5590  hypothetical protein  27.4 
 
 
431 aa  43.9  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1222  pentapeptide repeat protein  26.39 
 
 
331 aa  43.9  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.154284  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  30.67 
 
 
850 aa  43.1  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3920  helix-turn-helix, AraC type  29.58 
 
 
367 aa  43.1  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.597723 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>