More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0998 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85 
 
 
260 aa  451  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118579  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.85 
 
 
260 aa  421  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.958881  normal  0.213463 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5433  Short-chain alcohol dehydrogenase/3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase  81.15 
 
 
260 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.206427  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.93 
 
 
261 aa  405  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.77 
 
 
260 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.798582  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.25 
 
 
261 aa  401  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.856585  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3564  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.63 
 
 
261 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.46 
 
 
260 aa  391  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.92 
 
 
260 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.85 
 
 
287 aa  377  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.1 
 
 
259 aa  359  3e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474646  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1602  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70 
 
 
260 aa  358  7e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.8 
 
 
259 aa  352  4e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.783796  normal  0.0303689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.74 
 
 
263 aa  323  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.776253 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.23 
 
 
260 aa  319  3e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
260 aa  287  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.408815  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.54 
 
 
260 aa  271  5.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0740781  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0762  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  58.96 
 
 
252 aa  271  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.750513  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
254 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.65 
 
 
255 aa  268  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.799292  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
252 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0454791  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
264 aa  262  4e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
252 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.57 
 
 
252 aa  259  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.851813  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.58 
 
 
259 aa  259  4e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.870695  hitchhiker  0.0000000000642548 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
252 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29016  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
254 aa  257  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136015  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7091  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (short-chain)  55.12 
 
 
254 aa  255  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
256 aa  254  9e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.37 
 
 
252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.411442  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.78 
 
 
252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0151424  hitchhiker  0.0000559523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2534  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II oxidoreductase protein  57.37 
 
 
252 aa  253  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.145458 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.57 
 
 
252 aa  250  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327218  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2489  putative short-chain dehydrogenase  54.98 
 
 
252 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322393  normal  0.987031 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.18 
 
 
253 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00757149  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
252 aa  249  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00360013 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
250 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
250 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
250 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.53 
 
 
259 aa  248  5e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0024657  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
253 aa  248  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.285108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
250 aa  246  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 
257 aa  245  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.37 
 
 
252 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
252 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0926  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.37 
 
 
319 aa  245  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0380  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  57.37 
 
 
252 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1079  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  57.37 
 
 
252 aa  244  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.148811  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2515  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  57.37 
 
 
252 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.37 
 
 
252 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0129  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.37 
 
 
252 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1684  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.57 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.74 
 
 
255 aa  244  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00629853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0923  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.97 
 
 
319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.732955  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.139382  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7121  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (short-chain)  51.54 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.95 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.721085 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5880  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
252 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.58817  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0738  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  57.37 
 
 
252 aa  243  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.570343  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.28 
 
 
254 aa  242  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0162049  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.27 
 
 
259 aa  242  5e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
252 aa  241  6e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.634686  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0921  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
251 aa  241  7e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.718572  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.54 
 
 
252 aa  241  9e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.08 
 
 
252 aa  240  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
250 aa  240  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.684715  normal  0.235979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0997  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  50.19 
 
 
257 aa  240  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.361004  normal  0.776204 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
252 aa  239  4e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4554  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
251 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133291  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.91 
 
 
253 aa  238  5e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.530107  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55 
 
 
253 aa  238  5.999999999999999e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.580386  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
255 aa  238  6.999999999999999e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.92 
 
 
252 aa  238  9e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.77 
 
 
252 aa  237  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000114329  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0275  putative short chain dehydrogenase  50.95 
 
 
257 aa  237  1e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.599056  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
255 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772781  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
273 aa  237  2e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815875  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.53 
 
 
255 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.276621 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.77 
 
 
261 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.385192  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0605669  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.269297  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00832519  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.367974  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5942  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.99 
 
 
252 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.292257  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
252 aa  232  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.488823  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.69 
 
 
252 aa  231  6e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
254 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0244002 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11167  short-chain type dehydrogenase/reductase  52.36 
 
 
250 aa  231  8.000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.55 
 
 
259 aa  230  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0482872  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2720  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  49.24 
 
 
255 aa  230  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1700  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  50.58 
 
 
251 aa  230  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  0.0357096 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
255 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554657  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.25 
 
 
267 aa  228  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
254 aa  228  7e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7117  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.97 
 
 
255 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.593883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>