More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3041 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  74.71 
 
 		 429 aa  652    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  89.02 
 
 		 429 aa  756    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  81.97 
 
 		 432 aa  698    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  83.93 
 
 		 431 aa  717    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  100 
 
 		 429 aa  864    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  78.32 
 
 		 429 aa  681    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  76.39 
 
 		 435 aa  675    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  63.13 
 
 		 432 aa  507  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  61.35 
 
 		 436 aa  498  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  60.48 
 
 		 431 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  60.14 
 
 		 431 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  60.19 
 
 		 430 aa  480  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  60.05 
 
 		 423 aa  476  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  58.21 
 
 		 453 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  58.07 
 
 		 445 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  58.07 
 
 		 445 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  58.22 
 
 		 428 aa  461  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  56.54 
 
 		 435 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  55.34 
 
 		 436 aa  450  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 425 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  58.44 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 425 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  57 
 
 		 429 aa  444  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  53.27 
 
 		 417 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  54.2 
 
 		 449 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  52.64 
 
 		 423 aa  425  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  54.26 
 
 		 417 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  54.24 
 
 		 417 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  51.21 
 
 		 418 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  52.06 
 
 		 417 aa  389  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  51.79 
 
 		 421 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  49.27 
 
 		 411 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  40.46 
 
 		 408 aa  285  9e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  43.05 
 
 		 430 aa  271  2e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  42.55 
 
 		 410 aa  265  1e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  41.79 
 
 		 426 aa  263  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.4 
 
 		 415 aa  261  2e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.58 
 
 		 393 aa  260  3e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 425 aa  257  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  40.94 
 
 		 424 aa  256  7e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  39.47 
 
 		 399 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  40.92 
 
 		 430 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  41.86 
 
 		 363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  40.82 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  38.74 
 
 		 384 aa  250  4e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  38.86 
 
 		 359 aa  250  4e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  37.7 
 
 		 389 aa  250  4e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  41.27 
 
 		 420 aa  250  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  45.69 
 
 		 355 aa  248  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 		 408 aa  247  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  42.82 
 
 		 466 aa  246  4e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  42.29 
 
 		 422 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 		 369 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.79 
 
 		 419 aa  243  6e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  44.12 
 
 		 380 aa  242  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  42.31 
 
 		 354 aa  239  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.05 
 
 		 414 aa  239  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  43.44 
 
 		 378 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  37.96 
 
 		 395 aa  238  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  39.83 
 
 		 363 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 360 aa  237  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  40.26 
 
 		 399 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  39.53 
 
 		 378 aa  237  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 		 378 aa  237  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  42.09 
 
 		 378 aa  237  4e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  39.55 
 
 		 385 aa  236  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 402 aa  236  8e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  42.64 
 
 		 481 aa  236  8e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  40.48 
 
 		 419 aa  235  9e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  38.73 
 
 		 408 aa  235  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  39.35 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  36.81 
 
 		 414 aa  233  3e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 		 410 aa  234  3e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  43.89 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  35.53 
 
 		 385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  39.79 
 
 		 409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  41.11 
 
 		 386 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 		 385 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  39.3 
 
 		 359 aa  233  5e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  41.18 
 
 		 359 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  40.06 
 
 		 356 aa  232  8.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.15 
 
 		 418 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 413 aa  231  1e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  40.35 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.07 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  40.91 
 
 		 356 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  38.26 
 
 		 412 aa  229  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  37.16 
 
 		 406 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 425 aa  227  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  42 
 
 		 352 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.87 
 
 		 407 aa  227  4e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  40.81 
 
 		 415 aa  226  5.0000000000000005e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  35.81 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  43.34 
 
 		 463 aa  225  1e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  42.11 
 
 		 369 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  39.01 
 
 		 362 aa  224  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  41.34 
 
 		 458 aa  224  3e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  39.12 
 
 		 353 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>