More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0353 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 536 aa  1099    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  44.05 
 
 		 533 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  45.02 
 
 		 528 aa  425  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  44.76 
 
 		 528 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  43.6 
 
 		 534 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  42.66 
 
 		 533 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 534 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  43.44 
 
 		 534 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  42.13 
 
 		 539 aa  387  1e-106  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  39.7 
 
 		 552 aa  337  2.9999999999999997e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  40.59 
 
 		 540 aa  332  8e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  39.46 
 
 		 529 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  39.26 
 
 		 532 aa  325  2e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 531 aa  322  7e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  39.26 
 
 		 534 aa  311  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  38.25 
 
 		 520 aa  310  5e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  39.22 
 
 		 529 aa  310  5.9999999999999995e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  39.85 
 
 		 521 aa  309  8e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  38.02 
 
 		 513 aa  301  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.29 
 
 		 522 aa  300  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 509 aa  299  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 537 aa  299  7e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 537 aa  299  7e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 537 aa  299  7e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 530 aa  297  3e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 518 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  36.67 
 
 		 517 aa  296  8e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.93 
 
 		 503 aa  294  3e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 526 aa  293  4e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 516 aa  293  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.74 
 
 		 499 aa  293  6e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 		 509 aa  290  4e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5576  acyl-CoA synthetase  37.45 
 
 		 519 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628229  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 518 aa  286  7e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 520 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  36.38 
 
 		 557 aa  281  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 512 aa  280  4e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 1043 aa  279  7e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 519 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  35.71 
 
 		 516 aa  278  3e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 520 aa  277  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 518 aa  276  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  35.79 
 
 		 522 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 511 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 526 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 511 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.81 
 
 		 525 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.36 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.36 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.36 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  31.61 
 
 		 496 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 515 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 		 525 aa  270  4e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  31.34 
 
 		 496 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  31.41 
 
 		 496 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  31.34 
 
 		 496 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 525 aa  269  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 520 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 521 aa  269  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 523 aa  268  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.24 
 
 		 514 aa  267  4e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 502 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 566 aa  265  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 517 aa  264  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 527 aa  264  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.27 
 
 		 570 aa  263  8e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.76 
 
 		 519 aa  263  8e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 518 aa  262  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 		 525 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.74 
 
 		 525 aa  261  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 528 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  33.66 
 
 		 564 aa  259  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  34.59 
 
 		 572 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 520 aa  259  1e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 502 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 502 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 528 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.14 
 
 		 579 aa  258  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 530 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.26 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.26 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.26 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 521 aa  258  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.25 
 
 		 525 aa  258  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 530 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.88 
 
 		 565 aa  257  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 527 aa  255  1.0000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 531 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.55 
 
 		 526 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.89 
 
 		 524 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 534 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 508 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 518 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 502 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 525 aa  254  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 		 508 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.14 
 
 		 504 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>