More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_4141 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  100 
 
 		 554 aa  1107    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  45.75 
 
 		 284 aa  204  4e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 426 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  44.53 
 
 		 322 aa  196  7e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  43.88 
 
 		 621 aa  196  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.15 
 
 		 273 aa  196  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  43.7 
 
 		 318 aa  194  4e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  43.7 
 
 		 406 aa  193  7e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.82 
 
 		 269 aa  192  1e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 238 aa  191  4e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  44.64 
 
 		 251 aa  191  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 306 aa  190  5e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  45.34 
 
 		 306 aa  190  7e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 403 aa  189  9e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 265 aa  189  2e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 236 aa  187  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.21 
 
 		 251 aa  187  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  39.62 
 
 		 680 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.4 
 
 		 240 aa  186  7e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 243 aa  185  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  42.86 
 
 		 263 aa  184  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 250 aa  184  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 243 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  40.24 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 567 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 264 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  42.31 
 
 		 247 aa  180  7e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 256 aa  179  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 235 aa  178  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.81 
 
 		 274 aa  178  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 245 aa  177  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  42.19 
 
 		 255 aa  177  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.17 
 
 		 237 aa  177  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 243 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  43.08 
 
 		 259 aa  176  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.09 
 
 		 256 aa  176  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 694 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  39.52 
 
 		 284 aa  174  2.9999999999999996e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 262 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.67 
 
 		 327 aa  173  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 280 aa  173  7.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.75 
 
 		 241 aa  173  7.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.23 
 
 		 271 aa  173  7.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  43.2 
 
 		 292 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 258 aa  172  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.2 
 
 		 292 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 556 aa  172  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.06 
 
 		 528 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 247 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 252 aa  171  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 238 aa  170  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 233 aa  171  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 624 aa  170  6e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 242 aa  170  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.91 
 
 		 242 aa  170  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 242 aa  170  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 242 aa  170  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  40.32 
 
 		 386 aa  170  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 329 aa  170  8e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  39.83 
 
 		 242 aa  169  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  39.83 
 
 		 242 aa  169  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 242 aa  169  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 242 aa  169  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  38.62 
 
 		 251 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.48 
 
 		 239 aa  169  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 243 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.08 
 
 		 354 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 274 aa  168  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  39.92 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.87 
 
 		 620 aa  168  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  39.41 
 
 		 242 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 242 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.66 
 
 		 355 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 405 aa  167  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.66 
 
 		 355 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  40.73 
 
 		 674 aa  167  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  39.92 
 
 		 577 aa  167  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 237 aa  167  5.9999999999999996e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 250 aa  167  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  41.33 
 
 		 689 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 332 aa  166  8e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.98 
 
 		 609 aa  166  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.45 
 
 		 245 aa  166  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 242 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  41.49 
 
 		 249 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  38.59 
 
 		 369 aa  166  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 266 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.32 
 
 		 669 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 239 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 266 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.17 
 
 		 250 aa  164  3e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  42.99 
 
 		 466 aa  165  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  40.25 
 
 		 409 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  39.27 
 
 		 296 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 247 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  41.06 
 
 		 598 aa  164  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 408 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  41.3 
 
 		 298 aa  164  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>