More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1460 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
138 aa  280  5.000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
148 aa  76.3  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.59 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  31.01 
 
 
154 aa  73.2  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
134 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.35 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  30.3 
 
 
134 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
134 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  27.61 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.08 
 
 
147 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
142 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
142 aa  68.6  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
142 aa  68.2  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
142 aa  67.4  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.45 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.77 
 
 
143 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.13 
 
 
142 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  28.68 
 
 
143 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.22 
 
 
142 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.6 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  29.69 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  27.94 
 
 
147 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
141 aa  64.7  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.91 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  30.08 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
144 aa  63.9  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.03 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
134 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  27.42 
 
 
140 aa  62  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  28.8 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  25.6 
 
 
138 aa  62  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  27.42 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.42 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  27.42 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.42 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.59 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  27.42 
 
 
142 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
140 aa  61.6  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
134 aa  61.6  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  27.42 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
137 aa  61.6  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  28.57 
 
 
139 aa  61.2  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  30.4 
 
 
147 aa  61.2  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.6 
 
 
135 aa  61.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
134 aa  60.8  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.36 
 
 
132 aa  60.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  26.61 
 
 
142 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
132 aa  60.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  24.59 
 
 
139 aa  60.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  28 
 
 
136 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.58 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.43 
 
 
140 aa  60.5  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
137 aa  60.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  31.71 
 
 
146 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.93 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  26.4 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  27.78 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  30.89 
 
 
146 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  29.03 
 
 
152 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  32.35 
 
 
156 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  30 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  26.92 
 
 
134 aa  58.2  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
135 aa  58.2  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  27.42 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
136 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.93 
 
 
134 aa  57.8  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.47 
 
 
145 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
136 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
144 aa  57.4  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
134 aa  57.8  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
134 aa  57.8  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
140 aa  57.4  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
141 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
134 aa  57.8  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
155 aa  57  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.99 
 
 
137 aa  57.4  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
141 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  25.62 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
134 aa  57  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
137 aa  57  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>