More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5008 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  63.96 
 
 		 641 aa  815    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  66.94 
 
 		 628 aa  823    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  67.04 
 
 		 623 aa  837    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 627 aa  1268    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  68.38 
 
 		 627 aa  838    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  48.99 
 
 		 628 aa  601  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  45.83 
 
 		 630 aa  539  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  38.73 
 
 		 616 aa  360  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  38.53 
 
 		 616 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 614 aa  340  4e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  35.11 
 
 		 1023 aa  330  6e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  35.46 
 
 		 619 aa  303  8.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 638 aa  282  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.96 
 
 		 619 aa  278  2e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 627 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 624 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 627 aa  273  5.000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  33.71 
 
 		 613 aa  271  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 698 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 		 602 aa  266  8.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  30.87 
 
 		 620 aa  265  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  31.67 
 
 		 617 aa  265  2e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 697 aa  261  3e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  31.52 
 
 		 622 aa  258  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 		 602 aa  257  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  31.21 
 
 		 631 aa  256  7e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  32.26 
 
 		 612 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.01 
 
 		 613 aa  254  3e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 621 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  29.39 
 
 		 621 aa  249  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  28.97 
 
 		 623 aa  242  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 629 aa  242  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.86 
 
 		 645 aa  240  5e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 624 aa  239  9e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  30.97 
 
 		 685 aa  239  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  30.97 
 
 		 685 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  30.8 
 
 		 821 aa  238  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  30.62 
 
 		 685 aa  236  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  30.62 
 
 		 685 aa  236  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  30.62 
 
 		 685 aa  236  9e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  30.64 
 
 		 680 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  29.51 
 
 		 615 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  30.62 
 
 		 685 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30.06 
 
 		 617 aa  235  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 		 628 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  30.38 
 
 		 621 aa  224  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  25.88 
 
 		 597 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 624 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 632 aa  217  5e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.44 
 
 		 614 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.44 
 
 		 614 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.44 
 
 		 614 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.55 
 
 		 614 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.55 
 
 		 614 aa  213  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.44 
 
 		 614 aa  213  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  29.56 
 
 		 617 aa  213  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 626 aa  213  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.05 
 
 		 631 aa  212  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 626 aa  211  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.31 
 
 		 623 aa  209  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 735 aa  207  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.18 
 
 		 614 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.18 
 
 		 614 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.18 
 
 		 614 aa  206  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.18 
 
 		 614 aa  206  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.48 
 
 		 615 aa  205  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.02 
 
 		 614 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 611 aa  204  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.08 
 
 		 630 aa  204  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.08 
 
 		 630 aa  204  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 642 aa  203  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 642 aa  203  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 648 aa  203  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 642 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.48 
 
 		 631 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.12 
 
 		 634 aa  201  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.91 
 
 		 615 aa  201  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 593 aa  201  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.32 
 
 		 631 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.22 
 
 		 616 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 638 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.97 
 
 		 614 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  28.34 
 
 		 611 aa  196  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  27.8 
 
 		 617 aa  195  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.06 
 
 		 631 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  27.95 
 
 		 638 aa  191  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  27 
 
 		 613 aa  189  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 637 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.04 
 
 		 618 aa  177  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  27.51 
 
 		 646 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.29 
 
 		 695 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 618 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 690 aa  170  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 692 aa  167  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  26.8 
 
 		 623 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  26.22 
 
 		 634 aa  162  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  26.97 
 
 		 671 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 680 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 641 aa  154  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  26.82 
 
 		 673 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>