More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4488 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  87.24 
 
 
535 aa  958    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  100 
 
 
534 aa  1107    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.87 
 
 
516 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  36.87 
 
 
516 aa  361  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.67 
 
 
516 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  36.47 
 
 
516 aa  357  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  36.27 
 
 
516 aa  355  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  37.15 
 
 
504 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.8 
 
 
526 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  29.66 
 
 
506 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  29.3 
 
 
506 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  29.45 
 
 
506 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  29 
 
 
506 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  30.69 
 
 
532 aa  234  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  30.43 
 
 
511 aa  232  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  30.78 
 
 
523 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30.93 
 
 
518 aa  228  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  31.08 
 
 
518 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  32.38 
 
 
521 aa  227  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  30.56 
 
 
518 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  30.56 
 
 
518 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  30.69 
 
 
518 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  31.79 
 
 
518 aa  226  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  31.35 
 
 
518 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  31.35 
 
 
518 aa  225  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  31.35 
 
 
518 aa  225  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  31.35 
 
 
518 aa  225  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  31.35 
 
 
518 aa  225  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  31.35 
 
 
518 aa  225  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  31.35 
 
 
518 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  30.59 
 
 
538 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  30.56 
 
 
518 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  31.13 
 
 
497 aa  223  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  32.26 
 
 
519 aa  221  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  29.25 
 
 
528 aa  220  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  28.93 
 
 
515 aa  218  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  28.34 
 
 
500 aa  217  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  28.88 
 
 
514 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.52 
 
 
533 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.25 
 
 
533 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.25 
 
 
533 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.42 
 
 
474 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  29.57 
 
 
512 aa  208  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  31.29 
 
 
460 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  28.72 
 
 
528 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.77 
 
 
532 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  27.77 
 
 
532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  27.77 
 
 
532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.77 
 
 
532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  31.28 
 
 
526 aa  202  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  27.77 
 
 
532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  31.28 
 
 
526 aa  202  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  28.33 
 
 
507 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  28.2 
 
 
528 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  28.33 
 
 
507 aa  201  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.54 
 
 
486 aa  200  6e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  28.33 
 
 
521 aa  200  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.33 
 
 
521 aa  200  7e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  29.35 
 
 
506 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  28.23 
 
 
520 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  28.33 
 
 
521 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.38 
 
 
532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.33 
 
 
521 aa  198  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  28.34 
 
 
528 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 
528 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.21 
 
 
516 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  38.01 
 
 
532 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.21 
 
 
516 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  28.87 
 
 
522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  29.3 
 
 
534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  28.31 
 
 
490 aa  191  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  28.88 
 
 
529 aa  191  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
534 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  28.57 
 
 
534 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  38.67 
 
 
532 aa  190  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.02 
 
 
516 aa  190  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.02 
 
 
516 aa  190  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.02 
 
 
516 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  27.12 
 
 
501 aa  189  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  30.85 
 
 
530 aa  182  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  28.52 
 
 
537 aa  182  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  28.1 
 
 
538 aa  178  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 
546 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  28.37 
 
 
522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  40.33 
 
 
685 aa  175  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  28.38 
 
 
588 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.92 
 
 
859 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 
851 aa  174  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.34 
 
 
958 aa  173  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.532324  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0821  EAL domain-containing protein  34.67 
 
 
541 aa  173  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  26.4 
 
 
546 aa  173  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2322  GGDEF family protein  35.77 
 
 
849 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  27.61 
 
 
533 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 
1466 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 
1494 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.19 
 
 
1120 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  32.09 
 
 
525 aa  171  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0427  sensory box protein  39.08 
 
 
1491 aa  171  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  33.99 
 
 
374 aa  171  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 
1487 aa  170  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.89086 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>