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for query gene Pecwa_1911 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



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Alignment on homolog gene

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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  100 
 
 
396 aa  787    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  95.96 
 
 
396 aa  720    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  76.53 
 
 
399 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  76.4 
 
 
401 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  76.28 
 
 
399 aa  612  9.999999999999999e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  74.35 
 
 
393 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  75 
 
 
398 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  72.96 
 
 
402 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.41 
 
 
396 aa  554  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.41 
 
 
396 aa  554  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.15 
 
 
396 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.15 
 
 
396 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  69.9 
 
 
396 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  69.9 
 
 
396 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  69.64 
 
 
396 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.15 
 
 
396 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  70.15 
 
 
396 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.15 
 
 
396 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  70.15 
 
 
396 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.15 
 
 
396 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.2 
 
 
398 aa  540  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.15 
 
 
396 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  51.17 
 
 
401 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  48.69 
 
 
395 aa  352  8.999999999999999e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  49.09 
 
 
400 aa  351  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  48.3 
 
 
400 aa  347  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  48.67 
 
 
401 aa  339  5.9999999999999996e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  44.42 
 
 
403 aa  317  2e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1479  bicyclomycin/multidrug efflux system  43.37 
 
 
370 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.42 
 
 
397 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  35.36 
 
 
426 aa  235  9e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.69 
 
 
405 aa  228  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  35.73 
 
 
414 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.04 
 
 
498 aa  226  6e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  35.46 
 
 
402 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.18 
 
 
434 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0167  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.29 
 
 
398 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.18 
 
 
405 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.95 
 
 
405 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5119  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.28 
 
 
416 aa  223  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.95 
 
 
458 aa  222  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.69 
 
 
405 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.67 
 
 
405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  35.06 
 
 
426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.73 
 
 
414 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.4 
 
 
405 aa  219  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.29 
 
 
411 aa  218  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.59 
 
 
399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.26 
 
 
406 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  34.45 
 
 
392 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.07 
 
 
407 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.95 
 
 
424 aa  213  5.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0183  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.05 
 
 
416 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000244367  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0181  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.05 
 
 
416 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  34.19 
 
 
392 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.78 
 
 
405 aa  212  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  30.85 
 
 
420 aa  211  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0202  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  32.05 
 
 
416 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.2 
 
 
417 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0206  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.54 
 
 
416 aa  210  3e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.993392  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0170  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.79 
 
 
419 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000813415  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0226  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  32.55 
 
 
416 aa  210  3e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.54 
 
 
416 aa  210  4e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181141  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.57 
 
 
399 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0202  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.03 
 
 
419 aa  209  7e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.5 
 
 
411 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3096  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.33 
 
 
406 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0673947  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.8 
 
 
402 aa  207  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.96 
 
 
398 aa  207  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.07 
 
 
399 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0898  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  34.92 
 
 
416 aa  206  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.3 
 
 
412 aa  205  9e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  32.48 
 
 
409 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.36 
 
 
424 aa  204  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.96 
 
 
409 aa  203  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.6 
 
 
412 aa  202  7e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.03 
 
 
411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.9 
 
 
408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  33.42 
 
 
398 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.59 
 
 
410 aa  200  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.24 
 
 
409 aa  200  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.82 
 
 
394 aa  199  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.525477 
 
 
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NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.77 
 
 
400 aa  198  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
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NC_013595  Sros_5989  sugar (and other) transporter  36.02 
 
 
411 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.291494  normal  0.241739 
 
 
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NC_009092  Shew_1777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.87 
 
 
407 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221977  normal 
 
 
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NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.92 
 
 
396 aa  197  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
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NC_013512  Sdel_0012  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.2 
 
 
395 aa  196  7e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.502887  n/a   
 
 
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NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.08 
 
 
394 aa  196  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  34.16 
 
 
404 aa  195  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.81 
 
 
401 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007948  Bpro_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.08 
 
 
409 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.100227 
 
 
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NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.63 
 
 
409 aa  194  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.707115 
 
 
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NC_008700  Sama_2017  bicyclomycin resistance protein  33.24 
 
 
401 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.470067  normal 
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  32.28 
 
 
411 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.28 
 
 
411 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.34 
 
 
437 aa  193  4e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00219492  hitchhiker  0.00000496056 
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.28 
 
 
411 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_1956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.52 
 
 
408 aa  193  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.587196  normal  0.0575166 
 
 
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NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.53 
 
 
435 aa  193  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008740  Maqu_3300  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.54 
 
 
400 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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