260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0020 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  76.33 
 
 
601 aa  944    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  59.16 
 
 
619 aa  727    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  79.22 
 
 
600 aa  981    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  77.87 
 
 
600 aa  962    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  79.13 
 
 
600 aa  993    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  65.56 
 
 
606 aa  811    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  70.69 
 
 
592 aa  844    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  59.15 
 
 
601 aa  727    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0344  Pyrrolo-quinoline quinone  55.74 
 
 
623 aa  649    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.122301  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  76.42 
 
 
601 aa  937    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  76.44 
 
 
599 aa  964    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  77.68 
 
 
601 aa  951    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  62.46 
 
 
605 aa  781    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  76.17 
 
 
601 aa  956    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  76.33 
 
 
601 aa  944    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2082  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  67.67 
 
 
588 aa  809    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.687191  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  63.65 
 
 
606 aa  797    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  76.52 
 
 
599 aa  946    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  67.53 
 
 
608 aa  803    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
600 aa  1231    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  67.8 
 
 
590 aa  838    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  64.85 
 
 
608 aa  810    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  71.11 
 
 
607 aa  869    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  67.05 
 
 
606 aa  815    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  79.13 
 
 
600 aa  993    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  77.51 
 
 
601 aa  946    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  80.13 
 
 
600 aa  1005    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  70.22 
 
 
601 aa  889    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  69.93 
 
 
601 aa  872    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  52.61 
 
 
615 aa  641    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2314  Pyrrolo-quinoline quinone  53.8 
 
 
625 aa  630  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000100555  unclonable  0.000000320672 
 
 
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  51.66 
 
 
620 aa  621  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  52.05 
 
 
601 aa  615  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1717  Pyrrolo-quinoline quinone  50.16 
 
 
620 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000584084  unclonable  0.000000429175 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2044  Pyrrolo-quinoline quinone  51.01 
 
 
599 aa  601  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.115508  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  49.26 
 
 
632 aa  590  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4632  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  50.51 
 
 
626 aa  579  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.271906 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4150  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  50.25 
 
 
626 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383489  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  50 
 
 
629 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4518  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  50.25 
 
 
626 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.966685  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  48.92 
 
 
627 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1907  Pyrrolo-quinoline quinone  50.5 
 
 
624 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0135977  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0471  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  47.5 
 
 
625 aa  556  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  47.37 
 
 
601 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  47.63 
 
 
616 aa  528  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  47.81 
 
 
613 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  49.12 
 
 
604 aa  524  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  47.99 
 
 
613 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  48.16 
 
 
611 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  47.29 
 
 
605 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  42.79 
 
 
631 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  40.04 
 
 
602 aa  350  6e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.2 
 
 
587 aa  349  8e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.2 
 
 
587 aa  349  8e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.2 
 
 
587 aa  349  8e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.06 
 
 
579 aa  348  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  38.65 
 
 
579 aa  345  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.08 
 
 
584 aa  343  4e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  37.13 
 
 
580 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  35.52 
 
 
595 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.7 
 
 
595 aa  339  7e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  35.7 
 
 
595 aa  339  8e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.33 
 
 
589 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.25 
 
 
584 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  37.96 
 
 
587 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.28 
 
 
602 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  34.64 
 
 
591 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.62 
 
 
597 aa  334  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.08 
 
 
588 aa  332  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.67 
 
 
587 aa  329  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  34.48 
 
 
580 aa  327  3e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.33 
 
 
582 aa  322  9.000000000000001e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  36.48 
 
 
593 aa  316  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  35.67 
 
 
570 aa  310  4e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  35.18 
 
 
554 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  35.23 
 
 
623 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  36.57 
 
 
549 aa  304  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  35.87 
 
 
698 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  37.64 
 
 
583 aa  303  8.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  36.17 
 
 
720 aa  302  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.4 
 
 
724 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.04 
 
 
726 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  35.35 
 
 
726 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  35.35 
 
 
730 aa  298  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.96 
 
 
576 aa  298  3e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.19 
 
 
566 aa  298  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  34.26 
 
 
588 aa  297  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  35.53 
 
 
702 aa  296  6e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  35.29 
 
 
623 aa  296  8e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  35.98 
 
 
562 aa  295  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  34.43 
 
 
620 aa  295  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.16 
 
 
697 aa  294  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  35.63 
 
 
718 aa  291  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  35.73 
 
 
721 aa  291  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  33.94 
 
 
718 aa  289  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  34.97 
 
 
631 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  33.64 
 
 
631 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  33.27 
 
 
573 aa  287  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  34.8 
 
 
631 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  33.27 
 
 
573 aa  286  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>