More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1719 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  684    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 329 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01461  transcriptional regulator, LysR family protein  36.94 
 
 		 326 aa  202  9e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  32.69 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  29.7 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.25 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 319 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  27.73 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.35 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 328 aa  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 345 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.97 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 335 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.86 
 
 		 307 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.95 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  27.3 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.76 
 
 		 312 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.27 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 313 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 296 aa  99  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 322 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  27.21 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 313 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 308 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 296 aa  92.4  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 324 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 294 aa  92.4  9e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>