More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1329 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 238 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  62.03 
 
 		 239 aa  317  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.64 
 
 		 239 aa  211  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 238 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  45.11 
 
 		 241 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 239 aa  202  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.3 
 
 		 266 aa  195  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.61 
 
 		 249 aa  192  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 251 aa  190  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 		 266 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 241 aa  188  8e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 275 aa  187  9e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.37 
 
 		 253 aa  186  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 		 238 aa  181  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 		 266 aa  178  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 		 266 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.53 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 		 250 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.87 
 
 		 250 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.29 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 260 aa  164  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 262 aa  161  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  38.14 
 
 		 265 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.14 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 256 aa  151  8e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 252 aa  142  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 		 282 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 		 258 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 259 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 		 277 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 		 240 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 254 aa  122  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 		 277 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 		 242 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  32.48 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.7 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.46 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  29.87 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  38.92 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 245 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 		 267 aa  105  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.21 
 
 		 300 aa  102  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 		 250 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  28.45 
 
 		 254 aa  99  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 		 259 aa  99  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 255 aa  98.6  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 		 248 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.52 
 
 		 258 aa  96.3  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 249 aa  95.9  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 261 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 		 256 aa  95.5  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  28.24 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  28.81 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  33.15 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 		 260 aa  92.4  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 		 250 aa  92.8  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.05 
 
 		 271 aa  92.4  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 		 245 aa  92.4  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 		 258 aa  91.7  8e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  30.51 
 
 		 259 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 		 249 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  28.23 
 
 		 265 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>