More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0678 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
309 aa  627  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.53 
 
 
309 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.4 
 
 
309 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.79 
 
 
310 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.79 
 
 
310 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.14 
 
 
310 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.14 
 
 
310 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.77 
 
 
314 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.43 
 
 
312 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.49 
 
 
306 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  70.55 
 
 
309 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  69.58 
 
 
309 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.36 
 
 
313 aa  242  5e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.63 
 
 
310 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.64 
 
 
314 aa  238  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.44 
 
 
331 aa  236  5.0000000000000005e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.66 
 
 
306 aa  230  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.47 
 
 
311 aa  227  2e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.91 
 
 
304 aa  225  6e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.01 
 
 
312 aa  224  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.76 
 
 
313 aa  222  8e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.73 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  38.74 
 
 
298 aa  218  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.84 
 
 
310 aa  216  4e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.91 
 
 
309 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.72 
 
 
325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.68 
 
 
313 aa  211  9e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
309 aa  211  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
310 aa  209  3e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.35 
 
 
316 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.14 
 
 
309 aa  209  4e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.95 
 
 
311 aa  209  7e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  38.49 
 
 
319 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 
327 aa  207  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.73 
 
 
292 aa  206  5e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.03 
 
 
328 aa  205  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
322 aa  205  8e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.4 
 
 
299 aa  204  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.65 
 
 
308 aa  203  3e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.29 
 
 
292 aa  200  3e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.01 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.47 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.73 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  38.73 
 
 
308 aa  196  6e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.55 
 
 
388 aa  194  2e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
343 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.75 
 
 
313 aa  192  4e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.49 
 
 
303 aa  192  8e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 
314 aa  191  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
316 aa  191  1e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  39 
 
 
302 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
321 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.53 
 
 
321 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.33 
 
 
312 aa  189  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
368 aa  189  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
333 aa  189  7e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
343 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.33 
 
 
310 aa  188  9e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.58 
 
 
323 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.58 
 
 
323 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.07 
 
 
310 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.54 
 
 
306 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.17 
 
 
370 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.98 
 
 
341 aa  186  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
350 aa  186  4e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.43 
 
 
308 aa  185  7e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  36.93 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.45 
 
 
317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.45 
 
 
318 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
362 aa  183  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.97 
 
 
327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  37.25 
 
 
377 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
357 aa  182  9.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
388 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  34.59 
 
 
340 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.13 
 
 
339 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
370 aa  178  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.03 
 
 
332 aa  178  9e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2662  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.71 
 
 
341 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
342 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
328 aa  177  3e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  34.93 
 
 
340 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.97 
 
 
285 aa  175  7e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
315 aa  175  8e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
328 aa  175  8e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.77 
 
 
330 aa  175  8e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.95 
 
 
308 aa  175  9.999999999999999e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.11 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.96 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  33.44 
 
 
343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.93 
 
 
310 aa  172  5e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
340 aa  171  1e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
331 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 
329 aa  171  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>