More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3022 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  97.4 
 
 		 269 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  85.87 
 
 		 269 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  77.32 
 
 		 273 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  57.88 
 
 		 271 aa  279  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 308 aa  277  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 271 aa  240  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 266 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 280 aa  175  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  36.19 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 281 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 281 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  38.49 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 277 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 273 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 282 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 281 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 277 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  35.27 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  34.91 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 279 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2399  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 277 aa  122  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 273 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 285 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  29.54 
 
 		 278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 266 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 276 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 276 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 276 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  32.79 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  28.52 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 258 aa  106  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 283 aa  106  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 284 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  31.16 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 278 aa  102  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  32.45 
 
 		 268 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 269 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 277 aa  99.8  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 278 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 278 aa  99  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 278 aa  98.6  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  29.84 
 
 		 275 aa  97.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 275 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  31.37 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 278 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 300 aa  96.7  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 279 aa  96.7  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  28.68 
 
 		 275 aa  96.3  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 278 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 274 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 280 aa  95.9  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 278 aa  94.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>