52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2815 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2815  hypothetical protein  100 
 
 		 417 aa  838    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6844  putative regulator of polyketide synthase expression  47.96 
 
 		 394 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222986  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11218  hypothetical protein  38.4 
 
 		 421 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11481  transcriptional activator protein  37.44 
 
 		 432 aa  278  2e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.48079e-25  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12395  hypothetical protein  37 
 
 		 437 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.537746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2359  putative transcriptional regulator, PucR family  38.11 
 
 		 438 aa  247  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0658423  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3869  putative transcriptional regulator, PucR family  36.03 
 
 		 405 aa  243  5e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.155401  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2881  putative transcriptional regulator, PucR family  34.66 
 
 		 406 aa  219  1e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26290  regulator of polyketide synthase expression  29.16 
 
 		 441 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  28.68 
 
 		 408 aa  89.4  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4444  putative transcriptional regulator, PucR family  35.09 
 
 		 438 aa  77  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4213  hypothetical protein  27.12 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11458  hypothetical protein  30.12 
 
 		 422 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0377349 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4621  hypothetical protein  26.91 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2857  putative transcriptional regulator, PucR family  29.07 
 
 		 421 aa  57  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2117  CdaR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  29.8 
 
 		 648 aa  55.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 514 aa  51.2  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  38.46 
 
 		 524 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  27.4 
 
 		 739 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  36.67 
 
 		 740 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 558 aa  47.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 405 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  29.1 
 
 		 406 aa  47.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  25.26 
 
 		 387 aa  47.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  25.26 
 
 		 387 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  25.26 
 
 		 393 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  25.26 
 
 		 387 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  29.86 
 
 		 525 aa  47  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  36.67 
 
 		 519 aa  45.8  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  34.88 
 
 		 425 aa  46.2  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  35 
 
 		 311 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  26.13 
 
 		 413 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  30.43 
 
 		 601 aa  45.4  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  34.01 
 
 		 402 aa  45.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  36.67 
 
 		 637 aa  44.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 410 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  24.26 
 
 		 562 aa  44.3  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 524 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  37.97 
 
 		 410 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  37.97 
 
 		 410 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 410 aa  43.9  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 520 aa  44.3  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  37.97 
 
 		 410 aa  43.9  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 410 aa  43.9  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 410 aa  44.3  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 390 aa  44.3  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  33.06 
 
 		 665 aa  43.9  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 405 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  32.2 
 
 		 554 aa  43.1  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 381 aa  43.1  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>