More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2769 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 329 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  91.83 
 
 		 355 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  82.82 
 
 		 355 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  79.15 
 
 		 355 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  74.65 
 
 		 355 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  60.89 
 
 		 358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  59.33 
 
 		 358 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  58.66 
 
 		 358 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  57.46 
 
 		 358 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  53.52 
 
 		 354 aa  345  5e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  61.26 
 
 		 354 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  60.96 
 
 		 354 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  58.92 
 
 		 351 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  51.25 
 
 		 358 aa  335  7.999999999999999e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  48.6 
 
 		 358 aa  333  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  48.48 
 
 		 358 aa  328  5.0000000000000004e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  50.14 
 
 		 354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  60.36 
 
 		 352 aa  324  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  47.63 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  47.35 
 
 		 358 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  52.39 
 
 		 354 aa  316  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 354 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  49.44 
 
 		 358 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 347 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  47.38 
 
 		 368 aa  301  7.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  50.69 
 
 		 362 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  47.22 
 
 		 358 aa  299  4e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 347 aa  296  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  55.48 
 
 		 347 aa  296  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.88 
 
 		 351 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.38 
 
 		 358 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  47.38 
 
 		 358 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  46.43 
 
 		 358 aa  293  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  45.18 
 
 		 384 aa  290  3e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  55.63 
 
 		 350 aa  289  5.0000000000000004e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 358 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.08 
 
 		 365 aa  281  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 344 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  39.19 
 
 		 348 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 345 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  38.42 
 
 		 346 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  42.95 
 
 		 345 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 357 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  36.06 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 352 aa  180  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 352 aa  178  9e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 350 aa  176  5e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.23 
 
 		 350 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.75 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 357 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.22 
 
 		 357 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  34.84 
 
 		 350 aa  172  9e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  33.51 
 
 		 373 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  40 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  36.69 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 357 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 357 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 358 aa  155  8e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 357 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 357 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 562 aa  133  3.9999999999999996e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 571 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 360 aa  125  9e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  30.28 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  32.05 
 
 		 326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.15 
 
 		 317 aa  119  9e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.99 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.69 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  28.28 
 
 		 346 aa  116  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 358 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 454 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.91 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 318 aa  113  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 328 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 401 aa  111  1.0000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 454 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  29.93 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.67 
 
 		 326 aa  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 333 aa  106  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 317 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>