More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2678 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2678  beta-lactamase domain protein  100 
 
 		 307 aa  620  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3085  beta-lactamase domain-containing protein  99.35 
 
 		 307 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3125  beta-lactamase domain-containing protein  92.81 
 
 		 313 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265077  normal  0.697397 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  72.22 
 
 		 309 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1026  Beta-lactamase-like  51.99 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2819  beta-lactamase domain protein  50.52 
 
 		 342 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2733  beta-lactamase domain-containing protein  47.02 
 
 		 325 aa  288  1e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0472  hydrolase, putative  47.14 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0725  beta-lactamase domain-containing protein  45.36 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0290049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0686  beta-lactamase domain-containing protein  45.99 
 
 		 597 aa  250  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4154  beta-lactamase domain-containing protein  46.39 
 
 		 317 aa  248  7e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2500  beta-lactamase domain protein  43.21 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.397877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2106  beta-lactamase domain protein  43.21 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.105061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1824  beta-lactamase domain-containing protein  42.18 
 
 		 342 aa  219  6e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00672926 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2305  beta-lactamase-like protein  33.89 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0142167 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2189  hypothetical protein  35.86 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.887609  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1965  beta-lactamase domain-containing protein  35.88 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1776  beta-lactamase domain-containing protein  37.55 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0471  beta-lactamase domain protein  36.5 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  31.76 
 
 		 321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2112  beta-lactamase domain protein  36.71 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1735  beta-lactamase domain protein  34.69 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.593356  normal  0.313323 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  33.77 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  35.95 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0244  beta-lactamase domain protein  35.83 
 
 		 315 aa  113  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0816903 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  32.6 
 
 		 287 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5952  putative metallo-beta-lactamase family protein  32.3 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  32.3 
 
 		 351 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3399  hypothetical protein  34.01 
 
 		 327 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521141 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  31.4 
 
 		 333 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  30.77 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000011498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2056  Beta-lactamase-like  26.71 
 
 		 340 aa  105  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000527783  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  33.7 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  33.7 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  32.59 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  33.47 
 
 		 352 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2589  hypothetical protein  32.43 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0095  beta-lactamase domain-containing protein  34.73 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1782  beta-lactamase domain-containing protein  37.28 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  31.58 
 
 		 318 aa  99  8e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1934  beta-lactamase domain-containing protein  30.21 
 
 		 347 aa  99  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1247  beta-lactamase domain-containing protein  30.39 
 
 		 364 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5976  beta-lactamase domain protein  33.47 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  35.48 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5751  beta-lactamase domain-containing protein  34.29 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0502881 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  31.14 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  27.05 
 
 		 312 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1621  Beta-lactamase-like  35.05 
 
 		 334 aa  93.2  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.683443  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2858  beta-lactamase domain protein  29.86 
 
 		 337 aa  92.8  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2501  beta-lactamase domain protein  29.71 
 
 		 322 aa  92.4  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.541242 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  28.81 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2107  beta-lactamase domain protein  29.04 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  27.6 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  28.76 
 
 		 438 aa  89.7  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0911  beta-lactamase domain protein  30.15 
 
 		 330 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.289048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0734  beta-lactamase domain-containing protein  30.13 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  0.0589281 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0338  beta-lactamase-like protein  31.49 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_003296  RS01746  hypothetical protein  27.3 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04774  hypothetical protein  28.99 
 
 		 335 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05663  hypothetical protein  28.99 
 
 		 335 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4217  Beta-lactamase-like  30.64 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4051  beta-lactamase domain-containing protein  28.11 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00000219811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0427  hypothetical protein  28.63 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7214  beta-lactamase domain protein  28.63 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4660  beta-lactamase domain protein  28.41 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413221  normal  0.152436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4528  beta-lactamase domain protein  28.41 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256187  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  29.67 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0989  beta-lactamase domain-containing protein  26.79 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0565  putative metallo-beta-lactamase family protein  26.85 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.612107  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0890  beta-lactamase-like  26.85 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1017  beta-lactamase-like  26.85 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5107  beta-lactamase domain protein  30.53 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1103  putative hydrolase  30.34 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197828  normal  0.352936 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1711  Beta-lactamase-like  30.37 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0906  Beta-lactamase-like  27.24 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3721  beta-lactamase domain-containing protein  28.94 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.383554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4197  beta-lactamase domain-containing protein  28.94 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216632  normal  0.10176 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4303  beta-lactamase domain-containing protein  28.51 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491104 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  30.37 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  30.37 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  30.37 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0666  beta-lactamase-like  28.11 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257894  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0922  beta-lactamase-like  26.46 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  29.37 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1197  beta-lactamase domain protein  28.67 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5154  beta-lactamase domain protein  26.85 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692962  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0555  beta-lactamase domain protein  32.82 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000575755  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1308  beta-lactamase domain-containing protein  28.1 
 
 		 246 aa  79  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1940  beta-lactamase domain-containing protein  28.28 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.386829  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6284  beta-lactamase domain-containing protein  30.33 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0941559  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1394  metallo-beta-lactamase family protein  28.15 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1577  beta-lactamase domain protein  29.84 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4039  Beta-lactamase-like  30.09 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1300  beta-lactamase domain-containing protein  31.88 
 
 		 264 aa  75.1  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.862456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2765  beta-lactamase domain protein  29.88 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00567584  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  29.3 
 
 		 342 aa  73.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3186  beta-lactamase domain-containing protein  31.16 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3232  metallo-beta-lactamase family protein  29.96 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1925  metallo-beta-lactamase family protein  29.96 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0966006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>