141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2620 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2620  hypothetical protein  100 
 
 		 338 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2123  hypothetical protein  98.82 
 
 		 338 aa  683    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3228  type VI secretion protein  91.42 
 
 		 338 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4078  hypothetical protein  87.87 
 
 		 338 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0252169  hitchhiker  0.00001492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3729  hypothetical protein  47.49 
 
 		 338 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2525  type VI secretion protein  42.02 
 
 		 335 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0027  hypothetical protein  41.32 
 
 		 317 aa  251  9.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.273219  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0049  hypothetical protein  42.5 
 
 		 328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1200  hypothetical protein  38.48 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1074  type VI secretion protein, VC_A0111 family  39.88 
 
 		 332 aa  235  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3251  type VI secretion protein, VC_A0111 family  38.94 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2803  type VI secretion protein, VC_A0111 family  39.2 
 
 		 337 aa  232  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0236  hypothetical protein  36.13 
 
 		 360 aa  216  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0390  type VI secretion protein  34.35 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0242  hypothetical protein  36.05 
 
 		 360 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.842784 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0317  hypothetical protein  35.65 
 
 		 343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0234  hypothetical protein  35.94 
 
 		 360 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1226  hypothetical protein  36.42 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425687 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1107  type VI secretion protein, family  36.42 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1120  putative type VI secretion protein VasG  32.86 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0273687  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0096  hypothetical protein  34.48 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2547  hypothetical protein  34.14 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0186955  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05859  hypothetical protein  33.56 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42990  hypothetical protein  35.41 
 
 		 335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000437  uncharacterized protein ImpH/VasB  30.77 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.594996  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3611  hypothetical protein  33.88 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5426  hypothetical protein  33.11 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5585  hypothetical protein  34.51 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3314  hypothetical protein  30.91 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3037  type VI secretion protein, VC_A0111 family  30.42 
 
 		 385 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.663953  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3658  type VI secretion protein  31.54 
 
 		 374 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.44997  normal  0.507038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2768  type VI secretion protein  27.81 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0620169  normal  0.565386 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0432  hypothetical protein  28.24 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4957  hypothetical protein  27.07 
 
 		 356 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2626  hypothetical protein  27.51 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3096  hypothetical protein  27.51 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0865  hypothetical protein  28.03 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.839785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2506  type VI secretion protein  28.36 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166907  normal  0.89718 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1801  hypothetical protein  27.09 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0539966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3244  type VI secretion protein  29.56 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4918  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.86 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0191108 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5274  hypothetical protein  26.73 
 
 		 349 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2030  hypothetical protein  28.06 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.23868  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2128  hypothetical protein  28.52 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.596577  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0450  type VI secretion protein  26.36 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.969906 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2925  type VI secretion protein  27.22 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3038  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.07 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3564  hypothetical protein  26.99 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0386  hypothetical protein  26.42 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0739  hypothetical protein  28.03 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.876468  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0609  hypothetical protein  28.03 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0735963  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0720  hypothetical protein  28.03 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.2482  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1678  hypothetical protein  28.03 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0539  hypothetical protein  28.03 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0472  hypothetical protein  26.07 
 
 		 366 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.408031  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2272  hypothetical protein  28.8 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0407  type VI secretion protein  25.85 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0801  hypothetical protein  28.8 
 
 		 361 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2831  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3639  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0055  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1712  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3630  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.544301  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3655  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.155732  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3146  hypothetical protein  26.55 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2488  hypothetical protein  28.63 
 
 		 361 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2994  hypothetical protein  28.69 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000723693 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2586  type VI secretion protein  28.8 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.385239  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2959  hypothetical protein  26.12 
 
 		 366 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02050  hypothetical protein  24.72 
 
 		 363 aa  92.8  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.481196  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2819  hypothetical protein  27.87 
 
 		 325 aa  92.8  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1212  type VI secretion protein, VC_A0111 family  24.09 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2172  hypothetical protein  25 
 
 		 354 aa  90.5  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00260  hypothetical protein  25.32 
 
 		 336 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.439095  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2365  type VI secretion protein, VC_A0111 family  28.66 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_003296  RS01960  hypothetical protein  25.63 
 
 		 363 aa  89.4  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.362822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2634  hypothetical protein  28.35 
 
 		 338 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2330  hypothetical protein  29.24 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0196244  normal  0.0188042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01080  hypothetical protein  28.03 
 
 		 348 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0161  hypothetical protein  28.03 
 
 		 348 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.568465  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0199  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25.71 
 
 		 388 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1481  hypothetical protein  27.9 
 
 		 388 aa  82.8  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0636  hypothetical protein  26.79 
 
 		 362 aa  82.4  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.205205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3411  hypothetical protein  29.09 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0947  type VI secretion protein, VC_A0111 family  24.31 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3860  type VI secretion protein  26.63 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2891  hypothetical protein  30.08 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34000  hypothetical protein  28.45 
 
 		 338 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.375961  normal  0.121658 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0263  hypothetical protein  25.47 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1332  hypothetical protein  25.74 
 
 		 361 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.010268 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2588  hypothetical protein  25.15 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.695142  normal  0.103475 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3468  hypothetical protein  23.69 
 
 		 357 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6120  type VI secretion protein  23.6 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.677953  normal  0.349005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1691  type VI secretion protein, VC_A0111 family  23.48 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.623686  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1728  hypothetical protein  28.03 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50850  hypothetical protein  28.52 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0823811  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0528  type VI secretion protein, VC_A0111 family  25 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3012  hypothetical protein  26.27 
 
 		 357 aa  69.7  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1583  hypothetical protein  27.44 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0292  type VI secretion protein  23.73 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0831142  normal  0.923003 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>