More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2101 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 
207 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
205 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  97.56 
 
 
205 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  90.78 
 
 
206 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  77.14 
 
 
212 aa  343  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  76.44 
 
 
208 aa  337  1e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  63.46 
 
 
208 aa  281  4e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  62.02 
 
 
208 aa  278  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  62.02 
 
 
208 aa  278  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  59.13 
 
 
208 aa  258  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  58.74 
 
 
236 aa  254  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  58.74 
 
 
207 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  58.74 
 
 
207 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  58.45 
 
 
207 aa  253  1e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  57.97 
 
 
207 aa  253  2e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  54.81 
 
 
209 aa  231  4e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.36161e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  54.81 
 
 
209 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  55.07 
 
 
207 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  55.07 
 
 
207 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  49.76 
 
 
207 aa  215  3e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.55 
 
 
208 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  44.06 
 
 
204 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  40.19 
 
 
210 aa  181  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  39.52 
 
 
220 aa  173  2e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.81929e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
204 aa  172  4e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
212 aa  171  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
213 aa  171  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  40.09 
 
 
209 aa  171  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  42.65 
 
 
204 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
204 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
209 aa  166  3e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 
213 aa  164  1e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
232 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  39.13 
 
 
210 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
210 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
209 aa  157  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  38.65 
 
 
210 aa  155  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  36.89 
 
 
210 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  36.89 
 
 
210 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  36.19 
 
 
210 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  36.19 
 
 
210 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  36.19 
 
 
210 aa  151  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.81 
 
 
202 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
206 aa  144  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
203 aa  142  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  35.18 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.18 
 
 
204 aa  141  6e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
207 aa  139  2e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
213 aa  137  8e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 
210 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  34.6 
 
 
210 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  34.6 
 
 
210 aa  137  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  34.6 
 
 
210 aa  137  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  34.6 
 
 
210 aa  136  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  34.6 
 
 
210 aa  136  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.6 
 
 
210 aa  136  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  34.6 
 
 
210 aa  136  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
208 aa  135  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  34.76 
 
 
214 aa  134  1e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
214 aa  134  1e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1873  response regulator receiver protein  33.02 
 
 
215 aa  132  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.56104  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  32.54 
 
 
214 aa  130  1e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
216 aa  130  1e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1400  two component signal transduction response regulator  32.69 
 
 
214 aa  129  2e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3764  response regulator receiver  36.76 
 
 
217 aa  130  2e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.321181  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
214 aa  129  2e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0560  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.71 
 
 
209 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.49 
 
 
216 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  32.54 
 
 
214 aa  129  4e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
212 aa  129  5e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 
215 aa  127  9e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.23 
 
 
217 aa  127  1e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
213 aa  127  1e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4618  LuxR response regulator receiver  35.71 
 
 
209 aa  127  1e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.601025 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
219 aa  127  1e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
211 aa  126  2e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
210 aa  125  4e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
210 aa  125  4e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  34.38 
 
 
199 aa  125  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  33.18 
 
 
214 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  33.18 
 
 
214 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  29.67 
 
 
214 aa  125  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  33.65 
 
 
218 aa  124  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  33.17 
 
 
214 aa  124  8e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 
216 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3747  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.92 
 
 
221 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
222 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
215 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
221 aa  123  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3945  putative DNA-binding response regulator EsrB  35.75 
 
 
210 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480381  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
209 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  29.95 
 
 
227 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.89156e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>