189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_38474 on replicon NC_011684
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011684  PHATRDRAFT_38474  predicted protein  100 
 
 
184 aa  380  1e-105  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
88 aa  65.5  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  35.42 
 
 
98 aa  62  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  35.42 
 
 
98 aa  62  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  38.1 
 
 
115 aa  62  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06676  transformer-SR ribonucleoprotein, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05260)  34.52 
 
 
307 aa  60.8  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.151913 
 
 
-
 
NC_006686  CND05240  mRNA catabolism, nonsense-mediated-related protein, putative  35.11 
 
 
434 aa  60.8  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.115659  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  40.79 
 
 
99 aa  60.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  37.68 
 
 
103 aa  60.5  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0967  RNP-1 like RNA-binding protein  33.01 
 
 
221 aa  60.1  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.191765  normal  0.616153 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  36.23 
 
 
105 aa  60.1  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.644837 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  36.96 
 
 
94 aa  58.9  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  35.53 
 
 
82 aa  58.5  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  36.17 
 
 
101 aa  58.9  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1566  RNA recognition motif-containing protein  36.36 
 
 
184 aa  58.5  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.306612  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  37.36 
 
 
99 aa  58.2  0.00000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10164  nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein pub1 (AFU_orthologue; AFUA_1G12000)  37.84 
 
 
477 aa  57  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
108 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  35.29 
 
 
102 aa  57.4  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  34.57 
 
 
103 aa  56.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  34.07 
 
 
105 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  37.04 
 
 
152 aa  56.6  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
89 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00917  RNA splicing factor (Pad-1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G15810)  30.28 
 
 
552 aa  55.8  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.373895 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  37.35 
 
 
119 aa  56.2  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  32.5 
 
 
94 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  32.5 
 
 
94 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  36.84 
 
 
103 aa  55.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  34.62 
 
 
98 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
104 aa  55.8  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 
97 aa  55.5  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  36.67 
 
 
99 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
97 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  34.94 
 
 
95 aa  55.1  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  34.12 
 
 
89 aa  55.5  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
111 aa  55.1  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  35.8 
 
 
103 aa  55.1  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
92 aa  55.1  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
92 aa  55.1  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  32.89 
 
 
114 aa  54.3  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  34.57 
 
 
102 aa  54.3  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
87 aa  53.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  35.9 
 
 
107 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06256  peptidyl prolyl cis-trans isomerase Cyclophilin, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12990)  36.71 
 
 
153 aa  53.5  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218762  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  35.37 
 
 
101 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  33.75 
 
 
109 aa  53.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  32.65 
 
 
110 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  30.26 
 
 
95 aa  53.1  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  32.93 
 
 
88 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  36 
 
 
137 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  31.58 
 
 
90 aa  53.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND01910  conserved hypothetical protein  29.47 
 
 
253 aa  52.8  0.000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  32.88 
 
 
112 aa  52.4  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
104 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  35.05 
 
 
160 aa  52  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
90 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  32.5 
 
 
96 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  34.21 
 
 
90 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  32.14 
 
 
143 aa  51.6  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
157 aa  51.6  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  33.33 
 
 
95 aa  51.6  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  36.25 
 
 
85 aa  51.6  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  36 
 
 
122 aa  51.2  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  30.26 
 
 
90 aa  51.2  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10122  predicted protein  32.35 
 
 
324 aa  51.2  0.000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.195576  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04665  hypothetical protein  29.73 
 
 
279 aa  50.4  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0330259  normal  0.410978 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  32.53 
 
 
182 aa  50.8  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  32.22 
 
 
161 aa  50.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  38.36 
 
 
88 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  32.94 
 
 
116 aa  50.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  34.67 
 
 
148 aa  50.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
88 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  32 
 
 
162 aa  50.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04600  single-stranded DNA binding protein, putative  28.04 
 
 
441 aa  50.1  0.00002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  36.84 
 
 
89 aa  50.1  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
87 aa  50.1  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  28.95 
 
 
90 aa  50.1  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  34.67 
 
 
123 aa  50.1  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  34.67 
 
 
150 aa  50.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  36 
 
 
124 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  27.27 
 
 
90 aa  50.1  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1139  RNA binding protein  32.91 
 
 
129 aa  49.3  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000522116  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1253  RNP-1 like RNA-binding protein  32.93 
 
 
134 aa  49.7  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000895095  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  28.95 
 
 
90 aa  49.3  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1009  glycine-rich RNA binding protein  32.91 
 
 
128 aa  49.3  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000973374  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB02310  conserved hypothetical protein  28.95 
 
 
444 aa  49.3  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.935562  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02130  single-stranded nucleic acid binding protein, putative  29.63 
 
 
223 aa  49.3  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  28.95 
 
 
90 aa  49.3  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  34.72 
 
 
241 aa  49.7  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  34.21 
 
 
89 aa  49.3  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  35.53 
 
 
88 aa  49.3  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  31.58 
 
 
82 aa  49.3  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
88 aa  49.3  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84754  predicted protein  29.09 
 
 
246 aa  49.3  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1256  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
86 aa  49.3  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.737942  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  34.67 
 
 
176 aa  48.9  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  37.04 
 
 
102 aa  48.9  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2498  RNA binding protein  29.52 
 
 
107 aa  48.9  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
132 aa  48.9  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
149 aa  48.9  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>