More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1776 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1776  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 497 aa  1024    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0925083  decreased coverage  0.00473675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4414  seryl-tRNA synthetase  67.47 
 
 		 442 aa  653    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2742  seryl-tRNA synthetase  70.52 
 
 		 476 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51517  normal  0.290109 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1791  seryl-tRNA synthetase  74.45 
 
 		 470 aa  711    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.419973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2517  seryl-tRNA synthetase  66.8 
 
 		 481 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0204633  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2787  seryl-tRNA synthetase  64.57 
 
 		 434 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3185  seryl-tRNA synthetase  64.85 
 
 		 434 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4404  seryl-tRNA synthetase  62.6 
 
 		 468 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.153903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0586  seryl-tRNA synthetase  60.48 
 
 		 461 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.64934 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2702  seryl-tRNA synthetase  58.03 
 
 		 436 aa  525  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2282  seryl-tRNA synthetase  58.27 
 
 		 467 aa  521  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  55.73 
 
 		 435 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6577  seryl-tRNA synthetase  57.89 
 
 		 435 aa  503  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7399  seryl-tRNA synthetase  57.89 
 
 		 437 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38893  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3115  seryl-tRNA synthetase  53.06 
 
 		 474 aa  479  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.132725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  51.81 
 
 		 431 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  49.8 
 
 		 427 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  48.9 
 
 		 427 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0453  seryl-tRNA synthetase  48.49 
 
 		 430 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.393606  normal  0.0512779 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  48.29 
 
 		 430 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  48.49 
 
 		 430 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1906  seryl-tRNA synthetase  48.79 
 
 		 425 aa  441  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00949318  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  49.4 
 
 		 427 aa  427  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  49.5 
 
 		 469 aa  427  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  48.8 
 
 		 427 aa  428  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  48.68 
 
 		 426 aa  424  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1070  seryl-tRNA synthetase  46.94 
 
 		 430 aa  419  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0994  seryl-tRNA synthetase  46.73 
 
 		 430 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0722  seryl-tRNA synthetase  49.7 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0637  seryl-tRNA synthetase  48.17 
 
 		 425 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0919244  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2429  seryl-tRNA synthetase  47.89 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.614056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1863  seryl-tRNA synthetase  47.14 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.517326 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01077  seryl-tRNA synthetase  47.38 
 
 		 449 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256687  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06242  seryl-tRNA synthetase  47.38 
 
 		 449 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  46.45 
 
 		 438 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  46 
 
 		 425 aa  399  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 438 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0953  seryl-tRNA synthetase  45.42 
 
 		 468 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_002978  WD0028  seryl-tRNA synthetase  42.6 
 
 		 425 aa  393  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003876  seryl-tRNA synthetase  45.67 
 
 		 435 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00729663  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1159  seryl-tRNA synthetase  44.83 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0553122 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  46.52 
 
 		 427 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01800  seryl-tRNA synthetase  45.27 
 
 		 435 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3445  seryl-tRNA synthetase  44.38 
 
 		 442 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  44.06 
 
 		 425 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2337  seryl-tRNA synthetase  45.23 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.252974 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0692  seryl-tRNA synthetase  46.14 
 
 		 431 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.592025 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3767  seryl-tRNA synthetase  44.87 
 
 		 439 aa  385  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1908  seryl-tRNA synthetase  44.13 
 
 		 438 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301857  hitchhiker  0.00000878717 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2772  seryl-tRNA synthetase  44.83 
 
 		 442 aa  388  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.521327  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0692  seryl-tRNA synthetase  45.38 
 
 		 436 aa  385  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.96441  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3243  seryl-tRNA synthetase  44.69 
 
 		 452 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.581766  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3651  seryl-tRNA synthetase  44.42 
 
 		 438 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0461818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0437  seryl-tRNA synthetase  46.87 
 
 		 424 aa  384  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0193411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2594  seryl-tRNA synthetase  46.34 
 
 		 434 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.365068  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3335  seryl-tRNA synthetase  44.02 
 
 		 444 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0584  seryl-tRNA synthetase  42.45 
 
 		 423 aa  385  1e-105  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  46.1 
 
 		 428 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2692  seryl-tRNA synthetase  45.12 
 
 		 432 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.730114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0628  seryl-tRNA synthetase  44.62 
 
 		 435 aa  382  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0256221  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 426 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0642  seryl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 432 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0180  seryl-tRNA synthetase  45.22 
 
 		 456 aa  380  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.420284  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  44.24 
 
 		 432 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  45.7 
 
 		 431 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  47.06 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  46.9 
 
 		 428 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 428 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 428 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  44.82 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1044  seryl-tRNA synthetase  45.93 
 
 		 431 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 428 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 428 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1686  seryl-tRNA synthetase  45.77 
 
 		 430 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.162047 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  45.34 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  44.47 
 
 		 424 aa  378  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  43.61 
 
 		 433 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  46.09 
 
 		 428 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1768  seryl-tRNA synthetase  44.44 
 
 		 430 aa  378  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865452  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  46.68 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000145216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0695  seryl-tRNA synthetase  43.67 
 
 		 435 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  47.11 
 
 		 430 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  46.68 
 
 		 428 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000908788  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  47.11 
 
 		 430 aa  378  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1062  seryl-tRNA synthetase  44.91 
 
 		 430 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3994  seryl-tRNA synthetase  44.29 
 
 		 435 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  47.11 
 
 		 430 aa  378  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2750  seryl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 430 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00225777  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  44.67 
 
 		 426 aa  374  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1028  seryl-tRNA synthetase  44.91 
 
 		 430 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1402  seryl-tRNA synthetase  46.39 
 
 		 426 aa  373  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0968  seryl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 430 aa  374  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.246515  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0454  seryl-tRNA synthetase  41.13 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.730155  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0968  seryl-tRNA synthetase  44.91 
 
 		 430 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462799  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0997  seryl-tRNA synthetase  44.91 
 
 		 430 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.964875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2227  seryl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 430 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.495423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  43.55 
 
 		 433 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0998  seryl-tRNA synthetase  43.95 
 
 		 430 aa  374  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0131648  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  43.23 
 
 		 433 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>