More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1597 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  100 
 
 
245 aa  475  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  66.26 
 
 
249 aa  316  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  65.59 
 
 
248 aa  303  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  61.41 
 
 
247 aa  293  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  61.07 
 
 
270 aa  289  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  55.92 
 
 
244 aa  262  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  46.69 
 
 
243 aa  222  4.9999999999999996e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  55.6 
 
 
245 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  42.98 
 
 
243 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  41.49 
 
 
243 aa  201  9e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
246 aa  175  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  46.34 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  43.9 
 
 
246 aa  168  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  44.72 
 
 
246 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
246 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
248 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 
245 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  44.08 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
254 aa  153  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
245 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  34.27 
 
 
240 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
251 aa  139  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.76 
 
 
247 aa  131  9e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
254 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.05 
 
 
244 aa  124  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
241 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
254 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
250 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.11 
 
 
251 aa  118  7e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
245 aa  118  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
256 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
256 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
256 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
257 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
253 aa  112  7.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
243 aa  112  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
252 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
254 aa  107  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
255 aa  107  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
246 aa  106  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
247 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
260 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
252 aa  103  2e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  37.14 
 
 
249 aa  103  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  100  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  31.89 
 
 
260 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
249 aa  97.8  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
258 aa  90.9  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
250 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 
266 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
270 aa  87.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  34.9 
 
 
253 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000142595  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
270 aa  87  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
249 aa  85.9  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  27.45 
 
 
240 aa  85.1  9e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
257 aa  85.1  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  35.42 
 
 
253 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
260 aa  84.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  28.24 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  35.12 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 
261 aa  82  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
257 aa  81.6  0.000000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
257 aa  81.3  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.35 
 
 
238 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
254 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000797066  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.63 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
254 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
255 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  34.18 
 
 
251 aa  78.6  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1376  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  27.75 
 
 
250 aa  78.6  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  31.41 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
256 aa  77.8  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
265 aa  76.6  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0602  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
254 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0114024  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  34.83 
 
 
267 aa  76.6  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  27.66 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000309791  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
261 aa  75.1  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.2 
 
 
230 aa  75.1  0.0000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.22 
 
 
252 aa  75.1  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2964  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.21 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.95662  hitchhiker  0.0000180421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>