More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1666 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_1666  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 921 aa  1892    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.921097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  32.37 
 
 		 920 aa  422  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_256  UvrD/REP helicase  30.21 
 
 		 972 aa  385  1e-105  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000753871  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2313  UvrD/REP helicase  29.44 
 
 		 984 aa  377  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.976943 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0930  UvrD/REP helicase  29.34 
 
 		 932 aa  347  4e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0490168  normal  0.240502 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1482  UvrD/REP helicase  30.54 
 
 		 911 aa  330  1.0000000000000001e-88  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0495505  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0207  UvrD/REP helicase  28.95 
 
 		 970 aa  324  5e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.00182272  decreased coverage  0.0000000525372 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  25.46 
 
 		 946 aa  263  1e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  25.46 
 
 		 946 aa  263  1e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.58 
 
 		 785 aa  243  2e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.73 
 
 		 755 aa  241  4e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  31.54 
 
 		 739 aa  238  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.35 
 
 		 673 aa  231  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.35 
 
 		 675 aa  231  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.03 
 
 		 742 aa  231  7e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.31 
 
 		 736 aa  230  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  30.74 
 
 		 722 aa  229  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 		 760 aa  228  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0151  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.89 
 
 		 674 aa  226  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  29.92 
 
 		 722 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  30.24 
 
 		 722 aa  225  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.9 
 
 		 673 aa  225  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  31.2 
 
 		 721 aa  225  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  30.24 
 
 		 722 aa  225  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4199  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.58 
 
 		 673 aa  224  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  29.92 
 
 		 722 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  29.92 
 
 		 722 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  30.46 
 
 		 679 aa  224  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.75 
 
 		 814 aa  224  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03656  DNA helicase and single-stranded DNA-dependent ATPase  29.58 
 
 		 673 aa  224  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0354982  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  28.49 
 
 		 678 aa  224  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  29.58 
 
 		 722 aa  224  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03605  hypothetical protein  29.58 
 
 		 673 aa  224  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0230376  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4288  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.58 
 
 		 673 aa  224  6e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4225  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.68 
 
 		 673 aa  224  7e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4142  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.68 
 
 		 673 aa  224  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  30.8 
 
 		 739 aa  224  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3994  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.68 
 
 		 673 aa  224  7e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  29.92 
 
 		 722 aa  224  8e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  31.5 
 
 		 768 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.68 
 
 		 763 aa  223  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5211  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.57 
 
 		 673 aa  223  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  28.16 
 
 		 757 aa  223  9.999999999999999e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.67 
 
 		 674 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  29.45 
 
 		 722 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  29.82 
 
 		 817 aa  223  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 		 727 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.67 
 
 		 674 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.67 
 
 		 674 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.67 
 
 		 674 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  30.4 
 
 		 807 aa  221  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.28 
 
 		 707 aa  221  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  29.13 
 
 		 722 aa  221  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  30.97 
 
 		 790 aa  220  7e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4143  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.44 
 
 		 673 aa  220  7.999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.18 
 
 		 751 aa  219  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 		 751 aa  219  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.95 
 
 		 673 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6683  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 		 966 aa  219  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0759039  normal  0.87543 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.95 
 
 		 673 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4007  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.19 
 
 		 673 aa  219  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00646067 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.95 
 
 		 673 aa  219  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  31.55 
 
 		 668 aa  219  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.89 
 
 		 690 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.39 
 
 		 671 aa  218  4e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.55 
 
 		 715 aa  218  5.9999999999999996e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  29.97 
 
 		 726 aa  217  7e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 804 aa  217  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.62 
 
 		 773 aa  216  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  30.89 
 
 		 729 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.78 
 
 		 729 aa  216  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0156  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.09 
 
 		 674 aa  216  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.75 
 
 		 747 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  27.75 
 
 		 753 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.75 
 
 		 751 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  30.59 
 
 		 720 aa  215  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.75 
 
 		 751 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  30.59 
 
 		 720 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  30.59 
 
 		 720 aa  215  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  30.59 
 
 		 720 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  30.59 
 
 		 720 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  30.21 
 
 		 741 aa  215  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  30.59 
 
 		 720 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  27.75 
 
 		 751 aa  214  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.57 
 
 		 671 aa  214  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  30.45 
 
 		 720 aa  214  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  30.45 
 
 		 720 aa  214  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.77 
 
 		 718 aa  214  7e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  30.45 
 
 		 720 aa  214  7e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.53 
 
 		 737 aa  214  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  29.28 
 
 		 759 aa  214  7.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  30.3 
 
 		 723 aa  214  7.999999999999999e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.14 
 
 		 781 aa  214  7.999999999999999e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  30.3 
 
 		 720 aa  213  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  30.3 
 
 		 720 aa  213  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  30.3 
 
 		 720 aa  213  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3000  UvrD/REP helicase  28.35 
 
 		 731 aa  213  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.120838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  30.3 
 
 		 720 aa  213  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3877  UvrD/REP helicase  28.51 
 
 		 696 aa  213  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  30.3 
 
 		 720 aa  213  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>