67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0075 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0075  DNA-directed RNA polymerase subunit D  100 
 
 		 266 aa  543  1e-154  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0039  DNA-directed RNA polymerase subunit D  63.77 
 
 		 267 aa  357  9e-98  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1803  DNA-directed RNA polymerase subunit D  49.82 
 
 		 276 aa  261  6e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0972243  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1621  RNA polymerase, insert  47.33 
 
 		 264 aa  252  5.000000000000001e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2222  DNA-directed RNA polymerase subunit D  48.86 
 
 		 276 aa  251  1e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1244  DNA-directed RNA polymerase subunit D  46.72 
 
 		 275 aa  240  1e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00140782  normal  0.836144 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2899  DNA-directed RNA polymerase subunit D  46.13 
 
 		 272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0578788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2385  DNA-directed RNA polymerase subunit D  44.28 
 
 		 273 aa  226  3e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0325899  normal  0.710013 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2592  RNA polymerase insert  39.7 
 
 		 259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.906586  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0423  RNA polymerase insert  38.91 
 
 		 249 aa  178  7e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2521  RNA polymerase insert  37.16 
 
 		 247 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.088721  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1819  RNA polymerase insert  37.69 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2551  RNA polymerase insert  39.75 
 
 		 249 aa  165  8e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1399  RNA polymerase insert  37.13 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1166  RNA polymerase insert  36.94 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1052  RNA polymerase insert  35.09 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.127014  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0280  RNA polymerase, insert  36.68 
 
 		 283 aa  132  5e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0697  RNA polymerase, insert  33.72 
 
 		 262 aa  132  6.999999999999999e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00773924  normal  0.0619032 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1969  RNA polymerase insert  33.71 
 
 		 262 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00862498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2097  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  34.96 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2145  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  32.44 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  unclonable  0.0000000000343639  hitchhiker  0.000345758 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13566  predicted protein  29.71 
 
 		 320 aa  123  2e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2327  RNA polymerase, insert  36.29 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.000000580045  hitchhiker  0.00000634877 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0567  RNA polymerase insert  46.01 
 
 		 180 aa  110  3e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.555923 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0633  RNA polymerase insert  51.11 
 
 		 195 aa  108  7.000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0271  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  44.79 
 
 		 180 aa  108  7.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1351  RNA polymerase insert  44.79 
 
 		 180 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.146665  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1098  RNA polymerase insert  43.36 
 
 		 197 aa  106  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0428  RNA polymerase insert  35.9 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0123472 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74652  RNA polymerase III (C) subunit  28.62 
 
 		 336 aa  97.1  2e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06252  RNA polymerase II subunit 3 (AFU_orthologue; AFUA_2G13090)  35.42 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.586686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119616  DNA-directed RNA polymerase II subunit 3  36.96 
 
 		 318 aa  94.7  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.67705  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02415  DNA-directed RNA polymerase I and III subunit Rpc40, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13720)  27.24 
 
 		 373 aa  93.6  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0361662 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80709  45 kDa subunit of RNA polymerase II  34.85 
 
 		 315 aa  92  9e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND03040  conserved hypothetical protein  27.46 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.612704  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52094  predicted protein  24.57 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.830096  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35770  predicted protein  27.09 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000177628  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05120  RNA polymerase II subunit 3, putative  30.21 
 
 		 377 aa  70.1  0.00000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4080  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  35.11 
 
 		 197 aa  48.5  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0562629 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0790  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  36.21 
 
 		 700 aa  47.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08380  2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, gamma subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate family/2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, delta subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate family  34.52 
 
 		 355 aa  46.6  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.198369  normal  0.196547 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0708  pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase, delta subunit  40.98 
 
 		 86 aa  46.2  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.218436  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0048  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.12 
 
 		 65 aa  45.8  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3585  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.04 
 
 		 133 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0774678  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2879  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  24.89 
 
 		 319 aa  45.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0048  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.12 
 
 		 65 aa  45.4  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2185  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  35.29 
 
 		 184 aa  44.3  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.233255 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1096  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  24.17 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0514529  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5106  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  30.85 
 
 		 188 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.9 
 
 		 352 aa  43.9  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.548762  normal  0.672721 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2435  nitroreductase  35.09 
 
 		 303 aa  43.1  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00882814  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  42.37 
 
 		 322 aa  43.5  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3575  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.37 
 
 		 367 aa  43.5  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3425  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 82 aa  43.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.121057  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2766  putative polyferredoxin  31.15 
 
 		 287 aa  43.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2785  putative polyferredoxin  31.15 
 
 		 287 aa  43.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.635315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2897  putative polyferredoxin  31.15 
 
 		 287 aa  43.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2679  putative polyferredoxin  31.15 
 
 		 287 aa  43.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1425  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  37.29 
 
 		 810 aa  42.7  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0494363  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2631  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  29.17 
 
 		 230 aa  42.7  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.87866  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0040  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.51 
 
 		 367 aa  42.4  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2722  putative polyferredoxin  31.15 
 
 		 287 aa  42.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.715099  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  31.13 
 
 		 199 aa  42.4  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1528  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 88 aa  42  0.009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.546618  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1536  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  28.16 
 
 		 170 aa  42.4  0.009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0910  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.04 
 
 		 135 aa  42  0.01  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00418266  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0653  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.47 
 
 		 397 aa  42  0.01  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.568365  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>