48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2097 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_2097  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  100 
 
 		 258 aa  526  1e-148  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1969  RNA polymerase insert  76.34 
 
 		 262 aa  426  1e-118  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00862498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0697  RNA polymerase, insert  73.23 
 
 		 262 aa  411  1e-114  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00773924  normal  0.0619032 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2327  RNA polymerase, insert  73.05 
 
 		 259 aa  385  1e-106  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.000000580045  hitchhiker  0.00000634877 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1166  RNA polymerase insert  54.89 
 
 		 305 aa  292  4e-78  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0039  DNA-directed RNA polymerase subunit D  36.09 
 
 		 267 aa  161  8.000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1244  DNA-directed RNA polymerase subunit D  35.5 
 
 		 275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00140782  normal  0.836144 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1803  DNA-directed RNA polymerase subunit D  36.15 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0972243  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2222  DNA-directed RNA polymerase subunit D  36.33 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0075  DNA-directed RNA polymerase subunit D  34.96 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2145  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  34.77 
 
 		 262 aa  129  3e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  unclonable  0.0000000000343639  hitchhiker  0.000345758 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2385  DNA-directed RNA polymerase subunit D  33.58 
 
 		 273 aa  129  6e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0325899  normal  0.710013 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2521  RNA polymerase insert  30.47 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.088721  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2899  DNA-directed RNA polymerase subunit D  32.95 
 
 		 272 aa  126  3e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0578788  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1052  RNA polymerase insert  31.25 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.127014  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0423  RNA polymerase insert  31.58 
 
 		 249 aa  122  6e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2592  RNA polymerase insert  30.08 
 
 		 259 aa  122  8e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.906586  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1399  RNA polymerase insert  33.46 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1819  RNA polymerase insert  30.36 
 
 		 250 aa  117  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1621  RNA polymerase, insert  30.68 
 
 		 264 aa  117  3e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0567  RNA polymerase insert  35.37 
 
 		 180 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.555923 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0271  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  34.5 
 
 		 180 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0280  RNA polymerase, insert  32.02 
 
 		 283 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1351  RNA polymerase insert  34.5 
 
 		 180 aa  113  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.146665  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2551  RNA polymerase insert  31.28 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0633  RNA polymerase insert  34.93 
 
 		 195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0428  RNA polymerase insert  42.47 
 
 		 221 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0123472 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13566  predicted protein  26.16 
 
 		 320 aa  99.8  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1098  RNA polymerase insert  31.76 
 
 		 197 aa  98.2  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52094  predicted protein  25.95 
 
 		 319 aa  97.4  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.830096  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06252  RNA polymerase II subunit 3 (AFU_orthologue; AFUA_2G13090)  29.85 
 
 		 333 aa  90.1  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.586686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35770  predicted protein  28 
 
 		 360 aa  90.5  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000177628  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND03040  conserved hypothetical protein  28.19 
 
 		 350 aa  89.7  4e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.612704  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80709  45 kDa subunit of RNA polymerase II  36.78 
 
 		 315 aa  88.2  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119616  DNA-directed RNA polymerase II subunit 3  28.37 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.67705  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02415  DNA-directed RNA polymerase I and III subunit Rpc40, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13720)  25.65 
 
 		 373 aa  82.8  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0361662 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74652  RNA polymerase III (C) subunit  26.67 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05120  RNA polymerase II subunit 3, putative  28.71 
 
 		 377 aa  62.4  0.000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2683  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  29.94 
 
 		 312 aa  55.5  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00290695  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0620  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit  29.52 
 
 		 314 aa  52.4  0.000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2375  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  30 
 
 		 312 aa  50.1  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.631285  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0138  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  30.19 
 
 		 314 aa  49.3  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000398199  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0134  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  30.19 
 
 		 314 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0450  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  29.41 
 
 		 315 aa  46.6  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000064789  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4774  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.81 
 
 		 338 aa  43.9  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000131409 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01450  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  25.59 
 
 		 314 aa  43.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000776333  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0653  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  26.9 
 
 		 340 aa  42.4  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000970006 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0243  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  27.44 
 
 		 315 aa  42.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>