41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2385 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2385  DNA-directed RNA polymerase subunit D  100 
 
 		 273 aa  557  1e-158  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0325899  normal  0.710013 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2222  DNA-directed RNA polymerase subunit D  61.99 
 
 		 276 aa  361  8e-99  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1803  DNA-directed RNA polymerase subunit D  59.41 
 
 		 276 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0972243  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1244  DNA-directed RNA polymerase subunit D  60.07 
 
 		 275 aa  341  7e-93  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00140782  normal  0.836144 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2899  DNA-directed RNA polymerase subunit D  57.04 
 
 		 272 aa  320  9.999999999999999e-87  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0578788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0039  DNA-directed RNA polymerase subunit D  42.7 
 
 		 267 aa  236  4e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0075  DNA-directed RNA polymerase subunit D  44.28 
 
 		 266 aa  226  4e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1621  RNA polymerase, insert  42.28 
 
 		 264 aa  209  4e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0280  RNA polymerase, insert  36.19 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2145  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  34.8 
 
 		 262 aa  142  8e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  unclonable  0.0000000000343639  hitchhiker  0.000345758 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1052  RNA polymerase insert  34.08 
 
 		 265 aa  142  8e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.127014  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1819  RNA polymerase insert  31.37 
 
 		 250 aa  138  7e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1399  RNA polymerase insert  32.26 
 
 		 273 aa  138  7.999999999999999e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1166  RNA polymerase insert  30.18 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1969  RNA polymerase insert  33.73 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00862498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2592  RNA polymerase insert  29.66 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.906586  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0697  RNA polymerase, insert  33.72 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00773924  normal  0.0619032 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0423  RNA polymerase insert  31.39 
 
 		 249 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0567  RNA polymerase insert  45.45 
 
 		 180 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.555923 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2521  RNA polymerase insert  26.97 
 
 		 247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.088721  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0271  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  45.45 
 
 		 180 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2551  RNA polymerase insert  31.35 
 
 		 249 aa  119  6e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2097  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  33.58 
 
 		 258 aa  118  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1351  RNA polymerase insert  44.16 
 
 		 180 aa  116  3e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.146665  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2327  RNA polymerase, insert  34.13 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.000000580045  hitchhiker  0.00000634877 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0633  RNA polymerase insert  44.81 
 
 		 195 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13566  predicted protein  27.54 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1098  RNA polymerase insert  40.37 
 
 		 197 aa  106  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0428  RNA polymerase insert  37.16 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0123472 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35770  predicted protein  29.39 
 
 		 360 aa  93.2  4e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000177628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74652  RNA polymerase III (C) subunit  28.67 
 
 		 336 aa  87.4  2e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06252  RNA polymerase II subunit 3 (AFU_orthologue; AFUA_2G13090)  35.15 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.586686  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND03040  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.612704  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119616  DNA-directed RNA polymerase II subunit 3  31.87 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.67705  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52094  predicted protein  26.37 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.830096  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80709  45 kDa subunit of RNA polymerase II  35.58 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05120  RNA polymerase II subunit 3, putative  28.57 
 
 		 377 aa  75.9  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02415  DNA-directed RNA polymerase I and III subunit Rpc40, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13720)  28.65 
 
 		 373 aa  72.4  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0361662 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2591  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  26.32 
 
 		 321 aa  43.5  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00931011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.91 
 
 		 299 aa  42  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2063  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.62 
 
 		 385 aa  42  0.01  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000008917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>