61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC6_1351 on replicon NC_009975
Organism: Methanococcus maripaludis C6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009975  MmarC6_1351  RNA polymerase insert  100 
 
 		 180 aa  365  1e-100  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.146665  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0567  RNA polymerase insert  98.89 
 
 		 180 aa  362  1e-99  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.555923 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0271  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  97.78 
 
 		 180 aa  360  5.0000000000000005e-99  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0633  RNA polymerase insert  87.78 
 
 		 195 aa  329  1e-89  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1098  RNA polymerase insert  72.09 
 
 		 197 aa  255  2e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1803  DNA-directed RNA polymerase subunit D  44.57 
 
 		 276 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0972243  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2222  DNA-directed RNA polymerase subunit D  46.62 
 
 		 276 aa  119  1.9999999999999998e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1244  DNA-directed RNA polymerase subunit D  46.47 
 
 		 275 aa  117  7.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00140782  normal  0.836144 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2385  DNA-directed RNA polymerase subunit D  44.16 
 
 		 273 aa  116  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0325899  normal  0.710013 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1819  RNA polymerase insert  41.18 
 
 		 250 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2899  DNA-directed RNA polymerase subunit D  42.48 
 
 		 272 aa  114  5e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0578788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0423  RNA polymerase insert  44.96 
 
 		 249 aa  114  7.999999999999999e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2551  RNA polymerase insert  41.29 
 
 		 249 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2521  RNA polymerase insert  41.67 
 
 		 247 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.088721  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0075  DNA-directed RNA polymerase subunit D  44.79 
 
 		 266 aa  107  7.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0697  RNA polymerase, insert  32.61 
 
 		 262 aa  106  2e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00773924  normal  0.0619032 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1969  RNA polymerase insert  33.04 
 
 		 262 aa  105  4e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00862498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2097  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  34.5 
 
 		 258 aa  103  9e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1621  RNA polymerase, insert  44.27 
 
 		 264 aa  100  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2592  RNA polymerase insert  41.04 
 
 		 259 aa  99.4  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.906586  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2327  RNA polymerase, insert  33.19 
 
 		 259 aa  99.4  3e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.000000580045  hitchhiker  0.00000634877 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0280  RNA polymerase, insert  39.19 
 
 		 283 aa  98.2  5e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0039  DNA-directed RNA polymerase subunit D  41.61 
 
 		 267 aa  94.7  6e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0428  RNA polymerase insert  33.16 
 
 		 221 aa  94.4  7e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0123472 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1399  RNA polymerase insert  36.02 
 
 		 273 aa  93.6  1e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1052  RNA polymerase insert  41.3 
 
 		 265 aa  85.5  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.127014  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1166  RNA polymerase insert  35.25 
 
 		 305 aa  84.7  6e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2145  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  37.68 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  unclonable  0.0000000000343639  hitchhiker  0.000345758 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35770  predicted protein  31.82 
 
 		 360 aa  81.3  0.000000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000177628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74652  RNA polymerase III (C) subunit  35 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13566  predicted protein  30.86 
 
 		 320 aa  77.8  0.00000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119616  DNA-directed RNA polymerase II subunit 3  36.6 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.67705  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03040  conserved hypothetical protein  34.15 
 
 		 350 aa  74.3  0.0000000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.612704  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02415  DNA-directed RNA polymerase I and III subunit Rpc40, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13720)  34.29 
 
 		 373 aa  74.3  0.0000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0361662 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52094  predicted protein  60.78 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.830096  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80709  45 kDa subunit of RNA polymerase II  32.03 
 
 		 315 aa  72  0.000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06252  RNA polymerase II subunit 3 (AFU_orthologue; AFUA_2G13090)  34.21 
 
 		 333 aa  68.2  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.586686  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05120  RNA polymerase II subunit 3, putative  52.17 
 
 		 377 aa  62.4  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4251  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  25.25 
 
 		 334 aa  49.3  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00078349  unclonable  0.00000000000293688 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0419  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  25.76 
 
 		 330 aa  49.3  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0395  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  25.25 
 
 		 330 aa  48.9  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0780  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.62 
 
 		 332 aa  48.5  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0642076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4217  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.76 
 
 		 329 aa  48.5  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.969787  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04496  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  23.74 
 
 		 332 aa  48.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1862  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  21.83 
 
 		 324 aa  47  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4774  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.14 
 
 		 338 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000131409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0744  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  25.25 
 
 		 334 aa  45.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  25.13 
 
 		 329 aa  45.8  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  23.08 
 
 		 338 aa  45.4  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.52801 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3884  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  22.28 
 
 		 333 aa  43.5  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.283664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1366  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  26.03 
 
 		 336 aa  43.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00249264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0362  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  22.45 
 
 		 327 aa  43.1  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000335982  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1829  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  22.45 
 
 		 327 aa  43.1  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1320  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  26.03 
 
 		 336 aa  43.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000100462  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3312  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.38 
 
 		 326 aa  42  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.713226  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0862  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  23.15 
 
 		 333 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09115  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  23.15 
 
 		 333 aa  42  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0304  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  24.76 
 
 		 328 aa  42  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000011247  hitchhiker  0.000110568 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2039  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  22.61 
 
 		 338 aa  41.6  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.343858  normal  0.530425 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2683  DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit  23.95 
 
 		 312 aa  41.2  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00290695  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  23.27 
 
 		 338 aa  41.2  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353421  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>