40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_2145 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009440  Msed_2145  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  100 
 
 
262 aa  529  1e-149  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  unclonable  0.0000000000343639  hitchhiker  0.000345758 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1052  RNA polymerase insert  65.38 
 
 
265 aa  353  2e-96  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.127014  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0280  RNA polymerase, insert  35.66 
 
 
283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0039  DNA-directed RNA polymerase subunit D  31.97 
 
 
267 aa  144  1e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2222  DNA-directed RNA polymerase subunit D  33.33 
 
 
276 aa  144  2e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2385  DNA-directed RNA polymerase subunit D  34.8 
 
 
273 aa  142  7e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0325899  normal  0.710013 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1621  RNA polymerase, insert  35.97 
 
 
264 aa  142  7e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1803  DNA-directed RNA polymerase subunit D  32.39 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0972243  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1244  DNA-directed RNA polymerase subunit D  35.8 
 
 
275 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00140782  normal  0.836144 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1969  RNA polymerase insert  36.76 
 
 
262 aa  129  3e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00862498  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0428  RNA polymerase insert  37.68 
 
 
221 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0123472 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2327  RNA polymerase, insert  37.16 
 
 
259 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.000000580045  hitchhiker  0.00000634877 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0075  DNA-directed RNA polymerase subunit D  32.44 
 
 
266 aa  124  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2899  DNA-directed RNA polymerase subunit D  31.1 
 
 
272 aa  125  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0578788  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1166  RNA polymerase insert  29.64 
 
 
305 aa  120  3e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0697  RNA polymerase, insert  33.85 
 
 
262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00773924  normal  0.0619032 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2097  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  34.77 
 
 
258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_13566  predicted protein  27.43 
 
 
320 aa  109  4.0000000000000004e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06252  RNA polymerase II subunit 3 (AFU_orthologue; AFUA_2G13090)  27.41 
 
 
333 aa  103  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.586686  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1819  RNA polymerase insert  28.46 
 
 
250 aa  100  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52094  predicted protein  29.15 
 
 
319 aa  99.4  5e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.830096  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119616  DNA-directed RNA polymerase II subunit 3  28.32 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.67705  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2551  RNA polymerase insert  30.54 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80709  45 kDa subunit of RNA polymerase II  27.55 
 
 
315 aa  89.7  5e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2592  RNA polymerase insert  28.16 
 
 
259 aa  89.4  6e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.906586  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35770  predicted protein  26.6 
 
 
360 aa  88.6  8e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000177628  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1399  RNA polymerase insert  25.82 
 
 
273 aa  87.4  2e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0423  RNA polymerase insert  26.97 
 
 
249 aa  86.7  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02415  DNA-directed RNA polymerase I and III subunit Rpc40, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13720)  25.17 
 
 
373 aa  86.7  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0361662 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05120  RNA polymerase II subunit 3, putative  27.05 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03040  conserved hypothetical protein  26.74 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.612704  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1351  RNA polymerase insert  37.68 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.146665  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0271  DNA-directed RNA polymerase, subunit D  36.96 
 
 
180 aa  82.8  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0567  RNA polymerase insert  36.96 
 
 
180 aa  82.4  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.555923 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74652  RNA polymerase III (C) subunit  27.34 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2521  RNA polymerase insert  25.1 
 
 
247 aa  79  0.00000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.088721  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0633  RNA polymerase insert  35.21 
 
 
195 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1098  RNA polymerase insert  33.33 
 
 
197 aa  76.6  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0260  iron-sulfur cluster-binding protein  38.1 
 
 
303 aa  42.4  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0113  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.3 
 
 
62 aa  42  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.245579 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>