More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4080 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4080  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  100 
 
 
197 aa  408  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0562629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5106  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  82.95 
 
 
188 aa  308  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1374  NADH dehydrogenase I chain I  64.63 
 
 
175 aa  229  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00228535  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1238  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  64.38 
 
 
181 aa  218  5e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4074  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  66.46 
 
 
165 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138304  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7011  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  65.19 
 
 
169 aa  206  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3387  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  51.11 
 
 
165 aa  138  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.533197  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2235  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  50.37 
 
 
165 aa  135  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.272952  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3216  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  50.38 
 
 
168 aa  130  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1869  NADH-quinone oxidoreductase chain I  49.26 
 
 
177 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.83 
 
 
199 aa  125  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0917  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  48.89 
 
 
179 aa  123  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.5865  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3434  NADH dehydrogenase subunit I  42.42 
 
 
176 aa  121  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460482  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0163  NADH dehydrogenase subunit I  41.21 
 
 
184 aa  121  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0289  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.44 
 
 
171 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.998746  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3615  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.49 
 
 
211 aa  118  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0172  NADH dehydrogenase subunit I  42.95 
 
 
176 aa  117  7e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0478  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  35.23 
 
 
180 aa  117  7.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0154  NADH dehydrogenase subunit I  42.95 
 
 
176 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.947551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  46.92 
 
 
182 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  46.92 
 
 
182 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  46.92 
 
 
182 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  46.92 
 
 
182 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0323  NADH dehydrogenase subunit I  51.3 
 
 
176 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  46.15 
 
 
182 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  40.36 
 
 
182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1461  NADH dehydrogenase subunit I  41.94 
 
 
180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1567  NADH dehydrogenase subunit I  41.94 
 
 
180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.997394  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4410  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.51 
 
 
194 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2867  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  39.13 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.708253  normal  0.0292468 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  40.36 
 
 
182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1809  NADH dehydrogenase subunit I  41.94 
 
 
180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.693845 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2631  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.05 
 
 
230 aa  115  5e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.87866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  42.58 
 
 
180 aa  115  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3125  NADH dehydrogenase subunit I  42.76 
 
 
179 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18502  predicted protein  38.75 
 
 
167 aa  115  5e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0613487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  45.38 
 
 
182 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  45.38 
 
 
182 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5061  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.51 
 
 
185 aa  114  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.451376  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0371  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  39.64 
 
 
229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.839117  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  45.38 
 
 
182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0211  NADH dehydrogenase subunit I  46.15 
 
 
176 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4550  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  39.57 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1120  NADH dehydrogenase subunit I  39.13 
 
 
180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.311189  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  44.62 
 
 
182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6086  NADH dehydrogenase subunit I  42.75 
 
 
211 aa  112  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00224994  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1940  NADH dehydrogenase subunit I  46.81 
 
 
178 aa  112  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.509162 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  111  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1157  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.45 
 
 
177 aa  111  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2667  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  111  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0394  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.61 
 
 
175 aa  111  9e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1352  NADH dehydrogenase subunit I  37.2 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1014  NADH dehydrogenase subunit I  37.89 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1296  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.32 
 
 
238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.109179  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2460  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1020  NADH dehydrogenase subunit I  37.2 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755319  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1609  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.72 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.999472 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2505  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2560  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0213368  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2549  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1572  NADH dehydrogenase subunit I  41.18 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  41.29 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1596  NADH dehydrogenase subunit I  41.18 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.557888  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0829  NADH dehydrogenase subunit I  38.36 
 
 
163 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260339  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0929  NADH dehydrogenase subunit I  35.98 
 
 
163 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1542  NADH dehydrogenase subunit I  41.18 
 
 
174 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.383544  normal  0.0726132 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0711  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.54 
 
 
170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0425782  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1043  NADH dehydrogenase subunit I  38.99 
 
 
163 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7683  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.01 
 
 
203 aa  109  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0825  NADH dehydrogenase subunit I  40.62 
 
 
163 aa  109  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1385  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.82 
 
 
239 aa  108  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.236148  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2564  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  31.82 
 
 
239 aa  108  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4057  NADH dehydrogenase subunit I  41.22 
 
 
211 aa  109  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.819652  normal  0.545712 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1284  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.82 
 
 
239 aa  108  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3865  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.86 
 
 
222 aa  109  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1956  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.29 
 
 
162 aa  108  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198639  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0546  NADH dehydrogenase subunit I  41.22 
 
 
217 aa  108  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.175795  normal  0.434998 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0275  NADH dehydrogenase subunit I  40.15 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07460  NADH dehydrogenase subunit I  39.44 
 
 
252 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1563  NADH dehydrogenase subunit I  39.71 
 
 
162 aa  108  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.339949  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0592  Formate hydrogenlyase subunit 6/NADH:ubiquinone oxidoreductase 23 kD subunit (chain I)-like protein  41.22 
 
 
171 aa  108  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2687  NADH dehydrogenase subunit I  42.75 
 
 
183 aa  108  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0721276  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4455  NADH dehydrogenase subunit I  40.46 
 
 
211 aa  108  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.833546 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3221  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  38.51 
 
 
254 aa  108  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_002978  WD0980  NADH dehydrogenase subunit I  39.24 
 
 
169 aa  108  7.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1282  NADH-quinone oxidoreductase chain I  38.97 
 
 
185 aa  108  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.425102 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3502  NADH dehydrogenase subunit I  39.33 
 
 
181 aa  107  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3176  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.91 
 
 
167 aa  107  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0547  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.44 
 
 
226 aa  107  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.481769 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1411  NADH dehydrogenase subunit I  36.94 
 
 
165 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0328529 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3248  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
165 aa  107  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0754  NADH dehydrogenase subunit I  37.34 
 
 
164 aa  107  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.180315  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>