More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02811 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  100 
 
 
132 aa  266  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.52 
 
 
133 aa  216  9e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  66.15 
 
 
133 aa  172  1e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.02 
 
 
134 aa  157  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  59.54 
 
 
135 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.02 
 
 
134 aa  154  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.59 
 
 
134 aa  154  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.78 
 
 
134 aa  154  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.78 
 
 
134 aa  154  5e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.78 
 
 
134 aa  154  5e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.78 
 
 
134 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.78 
 
 
134 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.02 
 
 
134 aa  153  8e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.02 
 
 
134 aa  153  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.02 
 
 
134 aa  153  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.78 
 
 
134 aa  152  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.03 
 
 
134 aa  152  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  57.25 
 
 
134 aa  152  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.49 
 
 
134 aa  151  3e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.96 
 
 
134 aa  145  1e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.34 
 
 
136 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  55.65 
 
 
135 aa  141  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  62.5 
 
 
116 aa  140  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  51.97 
 
 
136 aa  140  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.23 
 
 
135 aa  139  1e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  51.61 
 
 
134 aa  137  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  56.35 
 
 
134 aa  136  9e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.03 
 
 
134 aa  135  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  52.42 
 
 
134 aa  134  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  51.61 
 
 
134 aa  133  6e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.28 
 
 
136 aa  130  8e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  45.74 
 
 
134 aa  123  8e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  44.17 
 
 
136 aa  118  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.22 
 
 
135 aa  116  1e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.6 
 
 
139 aa  113  7e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.94 
 
 
136 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.38 
 
 
134 aa  108  2e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40 
 
 
137 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  42.86 
 
 
135 aa  100  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  1.82227e-06 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  39.67 
 
 
143 aa  100  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.74 
 
 
133 aa  100  9e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.74 
 
 
134 aa  97.1  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
133 aa  90.5  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  38.98 
 
 
134 aa  89.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
142 aa  87.4  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 
135 aa  86.3  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
140 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
133 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
133 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
135 aa  80.1  9e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
133 aa  79.3  2e-14  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  36.84 
 
 
141 aa  77  8e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  5.40401e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  35.88 
 
 
137 aa  75.9  2e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  7.78685e-11  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
137 aa  74.3  5e-13  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  27.87 
 
 
148 aa  73.2  1e-12  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
141 aa  73.2  1e-12  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  28.81 
 
 
139 aa  73.2  1e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
137 aa  72.4  2e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  28.81 
 
 
139 aa  72.4  2e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
139 aa  72  2e-12  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.1299e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
149 aa  72  2e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
137 aa  72.4  2e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.37129e-08  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  30.16 
 
 
136 aa  72.8  2e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
136 aa  71.6  3e-12  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  31.4 
 
 
139 aa  72  3e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
250 aa  72  3e-12  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
140 aa  70.9  6e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
136 aa  69.3  2e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 
139 aa  68.9  2e-11  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
159 aa  68.9  2e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
133 aa  67.8  4e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  31.58 
 
 
135 aa  68.2  4e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  27.97 
 
 
139 aa  67.4  6e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  31.15 
 
 
138 aa  67.4  6e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
140 aa  67  9e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
140 aa  67  9e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.62 
 
 
151 aa  66.2  1e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  27.12 
 
 
143 aa  65.9  2e-10  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
138 aa  65.9  2e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.1 
 
 
146 aa  65.5  2e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
141 aa  65.5  2e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
141 aa  65.5  2e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  26.45 
 
 
153 aa  65.5  3e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  26.45 
 
 
153 aa  65.5  3e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
134 aa  64.7  4e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
158 aa  64.7  4e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.87 
 
 
134 aa  64.7  4e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  30.89 
 
 
152 aa  64.7  4e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  4.17761e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
148 aa  64.3  5e-10  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.77 
 
 
134 aa  63.9  7e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
141 aa  63.9  7e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  26.45 
 
 
153 aa  63.9  7e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.86 
 
 
137 aa  63.9  7e-10  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
143 aa  63.9  7e-10  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
159 aa  63.9  7e-10  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
158 aa  63.5  8e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
135 aa  62.8  1e-09  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 
155 aa  62.8  1e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
137 aa  63.2  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0352738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>