101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4329 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4329  LGFP repeat protein  100 
 
 
928 aa  1808    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4327  LGFP repeat protein  48.17 
 
 
967 aa  384  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.343026  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2379  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  36.96 
 
 
879 aa  368  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0102944 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3877  LGFP repeat protein  40.2 
 
 
654 aa  359  1.9999999999999998e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.200487  normal  0.0193324 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4368  LGFP repeat protein  43.58 
 
 
1040 aa  342  2.9999999999999998e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0417  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41 
 
 
905 aa  267  5.999999999999999e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.46141  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4447  LGFP repeat protein  38.9 
 
 
695 aa  247  6e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5652  LGFP repeat-containing protein  34.78 
 
 
539 aa  233  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.786051  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5022  LGFP  36.4 
 
 
537 aa  233  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5110  LGFP repeat-containing protein  36.4 
 
 
537 aa  233  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.667896 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5403  LGFP repeat-containing protein  36.4 
 
 
537 aa  233  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.116536 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2558  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  39.04 
 
 
728 aa  231  5e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.39914  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2380  LGFP repeat protein  35.77 
 
 
867 aa  227  1e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.729285  normal  0.0240945 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4477  LGFP repeat-containing protein  38.71 
 
 
370 aa  220  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.601176 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1157  LGFP repeat-containing protein  33.8 
 
 
541 aa  214  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0583206  normal  0.0991304 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34600  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.94 
 
 
387 aa  215  3.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.123006  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13845  hypothetical protein  31.68 
 
 
539 aa  213  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.280356 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1023  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.03 
 
 
636 aa  207  5e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3789  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.58 
 
 
591 aa  207  7e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0196  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  40.24 
 
 
502 aa  206  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4038  LGFP repeat protein  33.06 
 
 
780 aa  206  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.046638 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20080  LysM domain-containing protein  35.56 
 
 
695 aa  205  4e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3879  SpoIID/LytB domain  47.58 
 
 
664 aa  202  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00907037 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3174  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  37.16 
 
 
694 aa  201  7e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.15405  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1405  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.75 
 
 
959 aa  199  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1188  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.96 
 
 
794 aa  192  2e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.469744  normal  0.0598623 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2561  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  38.77 
 
 
784 aa  187  9e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0059  LGFP repeat protein  40.74 
 
 
351 aa  180  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.183151  normal  0.560607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0039  LGFP repeat protein  46.73 
 
 
306 aa  172  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.133931 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3028  LGFP repeat protein  38.48 
 
 
396 aa  166  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0967  SCP-like extracellular  43.02 
 
 
475 aa  163  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0383584 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3878  LGFP repeat protein  43.58 
 
 
407 aa  147  9e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.318359  normal  0.0449633 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0099  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.69 
 
 
552 aa  146  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2701  LGFP repeat protein  35.64 
 
 
322 aa  142  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.647471  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1717  LGFP repeat-containing protein  32.56 
 
 
595 aa  137  9e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.2949 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36860  glucose/sorbosone dehydrogenase  36.52 
 
 
892 aa  131  7.000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095894  normal  0.0512972 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3957  LGFP repeat-containing protein  32.64 
 
 
708 aa  130  9.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.420458  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1965  LGFP repeat protein  45.73 
 
 
316 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0009  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.09 
 
 
684 aa  124  9e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2440  LGFP repeat-containing protein  33.43 
 
 
686 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.199605  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0359  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  39.3 
 
 
846 aa  123  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0168  putative esterase  41.18 
 
 
546 aa  120  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.485619  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12735  hypothetical protein  31.18 
 
 
699 aa  114  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.724333 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4171  LGFP repeat protein  38.04 
 
 
617 aa  112  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.621321 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2624  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  28.83 
 
 
950 aa  110  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.3089  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4245  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.45 
 
 
1072 aa  107  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.370967  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2167  LGFP  29.15 
 
 
754 aa  106  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.381725  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2213  LGFP repeat-containing protein  29.15 
 
 
705 aa  106  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0467397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2156  LGFP repeat-containing protein  29.15 
 
 
706 aa  106  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00337154 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2393  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  30.84 
 
 
268 aa  96.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.594471  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2719  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  29.34 
 
 
274 aa  94.7  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.670474 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1610  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.99 
 
 
964 aa  89.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3432  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.68 
 
 
964 aa  87.8  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0164906 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0562  glycoside hydrolase family protein  38.22 
 
 
496 aa  87.4  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35340  negative regulator of beta-lactamase expression  30.64 
 
 
311 aa  86.3  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5070  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  31.48 
 
 
353 aa  85.9  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.212369  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2565  LGFP repeat protein  39.86 
 
 
312 aa  85.5  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.387749  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1539  twin-arginine translocation pathway signal  30.29 
 
 
486 aa  84.7  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.407284  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2816  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  28.7 
 
 
542 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3434  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  27.94 
 
 
366 aa  82.8  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.0021339  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1190  glycosyl hydrolase family 25  28.25 
 
 
662 aa  82  0.00000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4840  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  26.92 
 
 
277 aa  81.6  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1925  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase  24.88 
 
 
289 aa  81.3  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0536095  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6068  glycoside hydrolase family protein  36.59 
 
 
399 aa  79.7  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.646816 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4945  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  28.5 
 
 
273 aa  76.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1929  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  28.1 
 
 
223 aa  75.1  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2298  hypothetical protein  41.9 
 
 
300 aa  73.9  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.181107 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2503  LGFP repeat-containing protein  35.19 
 
 
344 aa  71.6  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0272639  normal  0.0821052 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1928  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  25.94 
 
 
391 aa  71.2  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5193  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.68 
 
 
356 aa  68.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000362844  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1016  LGFP repeat protein  31.68 
 
 
205 aa  67.4  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0455  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  26.81 
 
 
357 aa  65.1  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1930  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  26.47 
 
 
223 aa  64.3  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0270  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  27.56 
 
 
364 aa  63.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2269  LGFP repeat protein  38.24 
 
 
186 aa  63.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2152  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.09 
 
 
356 aa  61.2  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000936807  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2303  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.26 
 
 
157 aa  60.1  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2671  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  27.18 
 
 
792 aa  60.1  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.342561  normal  0.283165 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16840  hypothetical protein  22.73 
 
 
266 aa  58.2  0.0000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.754207  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3428  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.95 
 
 
150 aa  56.2  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3389  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36 
 
 
152 aa  56.2  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0561834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3340  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36 
 
 
152 aa  56.2  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3698  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.95 
 
 
150 aa  56.2  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.694196  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3648  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36 
 
 
150 aa  56.2  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1669  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.94 
 
 
173 aa  55.5  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.761458  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2546  hypothetical protein  33.96 
 
 
270 aa  55.5  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3182  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  27.14 
 
 
375 aa  55.5  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209082 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3745  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.67 
 
 
150 aa  55.1  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5274  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase negative regulator of AmpC, AmpD  27.75 
 
 
224 aa  54.7  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3053  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.85 
 
 
792 aa  54.3  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0646042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1203  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.57 
 
 
979 aa  53.5  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0815381  normal  0.647955 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3323  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  41.67 
 
 
150 aa  52  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0947828  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3666  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, putative  43.33 
 
 
150 aa  51.6  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3670  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.67 
 
 
152 aa  52  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0492519  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1572  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.35 
 
 
150 aa  51.2  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.577314  normal  0.236623 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3186  hypothetical protein  27.75 
 
 
256 aa  50.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.153677 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0545  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27 
 
 
157 aa  47.4  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0529  N-acetylmuramoyl-l-alanine amidase, putative  27 
 
 
222 aa  47.4  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.549299  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2545  hypothetical protein  37.84 
 
 
284 aa  47.8  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.631524  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5184  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2  32.05 
 
 
279 aa  45.4  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>