82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1190 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1190  glycosyl hydrolase family 25  100 
 
 		 662 aa  1365    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08300  glycosyl hydrolase family 25  35.32 
 
 		 592 aa  98.2  4e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.39526 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3109  glycoside hydrolase family protein  29.8 
 
 		 628 aa  96.3  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0595324  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13500  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  35.29 
 
 		 327 aa  88.6  4e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0305  glycoside hydrolase family 25  29.57 
 
 		 320 aa  83.2  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.655151 
 
 
-
 
NC_002936  DET1070  endolysin, putative  32.35 
 
 		 491 aa  78.6  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.898366  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1488  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  29.18 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4329  LGFP repeat protein  26.48 
 
 		 928 aa  74.7  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23740  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.66 
 
 		 278 aa  72.8  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.162245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2513  glycoside hydrolase family 25  31.43 
 
 		 266 aa  69.7  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4327  LGFP repeat protein  25.33 
 
 		 967 aa  70.5  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.343026  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0691  glycoside hydrolase family 25  31.19 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1615  glycoside hydrolase family protein  28.85 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.246289 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0563  glycoside hydrolase family 25  26.21 
 
 		 364 aa  58.9  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0159511  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2185  glycoside hydrolase family protein  29.95 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1529  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.64 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0110993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1185  glycoside hydrolase family 25  28.5 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30340  lysozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.09 
 
 		 294 aa  57  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1039  glycoside hydrolase family 25  29.95 
 
 		 249 aa  56.2  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0314219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4368  LGFP repeat protein  22.54 
 
 		 1040 aa  55.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1568  glycosy hydrolase family protein  27.67 
 
 		 342 aa  55.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00668816  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0973  glycosy hydrolase family protein  28.64 
 
 		 342 aa  55.5  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0331893  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0050  autolytic lysozyme  24.2 
 
 		 342 aa  55.5  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000251192  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1363  glycoside hydrolase family 25  29.49 
 
 		 251 aa  53.9  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2097  glycoside hydrolase family 25  28.5 
 
 		 348 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.319373  normal  0.427488 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3785  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  25.55 
 
 		 348 aa  52.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1416  glycoside hydrolase family 25  26.47 
 
 		 574 aa  52  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2848  U32 family peptidase  26.26 
 
 		 276 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0264815  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3364  glycoside hydrolase family protein  25.66 
 
 		 348 aa  51.6  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000457616  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2632  glycoside hydrolase family 25  28.5 
 
 		 268 aa  50.4  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1892  glycoside hydrolase family 25  27.5 
 
 		 345 aa  50.4  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101469  hitchhiker  0.00660268 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0741  endolysin, putative  26.15 
 
 		 315 aa  50.1  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1718  glycoside hydrolase family 25  23 
 
 		 235 aa  50.1  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3024  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.15 
 
 		 332 aa  49.7  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01994  hypothetical protein  27.86 
 
 		 272 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1413  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  26.6 
 
 		 437 aa  49.3  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00657496  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1136  glycosyl hydrolase family 25  27.65 
 
 		 272 aa  49.7  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.284707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02030  predicted hydrolase  27.86 
 
 		 272 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5518  glycoside hydrolase family protein  27.09 
 
 		 294 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.198571 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2300  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.41 
 
 		 332 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2615  glycoside hydrolase family 25  27.92 
 
 		 265 aa  48.5  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3081  glycosyl hydrolase family 25  28.36 
 
 		 272 aa  48.5  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.150513 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1403  glycosy hydrolase family protein  28.02 
 
 		 277 aa  48.5  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0962  glycosy hydrolase family protein  27.65 
 
 		 272 aa  48.5  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1447  glycosy hydrolase family protein  28.02 
 
 		 277 aa  48.5  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0934288  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3899  glycoside hydrolase family protein  27.94 
 
 		 283 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.496651  normal  0.126944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4267  glycoside hydrolase family 25  27.94 
 
 		 283 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.426328  normal  0.720209 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6620  Lysozyme  28.7 
 
 		 291 aa  48.1  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.135144  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2564  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.26 
 
 		 268 aa  47.8  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0333494  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2869  endolysin  25.25 
 
 		 276 aa  47.8  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00807006  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2532  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.26 
 
 		 268 aa  47.8  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00849711  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1394  endolysin  25.87 
 
 		 269 aa  47.8  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000700106 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2390  glycosy hydrolase family protein  28.11 
 
 		 272 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3028  LGFP repeat protein  29.32 
 
 		 396 aa  47.4  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1545  glycoside hydrolase family protein  28.22 
 
 		 272 aa  47.4  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883984  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1555  glycoside hydrolase family 25  28.22 
 
 		 272 aa  47.4  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3713  glycosy hydrolase family protein  25.11 
 
 		 348 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.575815  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1521  glycosy hydrolase family protein  26.44 
 
 		 321 aa  47  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0932253  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2875  glycoside hydrolase family 25  28.43 
 
 		 265 aa  47  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.737468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2112  glycoside hydrolase family protein  26.37 
 
 		 261 aa  47  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2238  glycosy hydrolase family protein  27.98 
 
 		 272 aa  47  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2805  glycosy hydrolase family protein  26.26 
 
 		 268 aa  45.8  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5362  glycoside hydrolase family protein  26.24 
 
 		 282 aa  45.8  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0600932 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0460  prophage LambdaBa04, glycosyl hydrolase family protein 25  25.25 
 
 		 265 aa  46.2  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.186644  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2615  glycosy hydrolase family protein  26.26 
 
 		 268 aa  45.8  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0379102  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2462  endolysin  25.13 
 
 		 276 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.568862  normal  0.603316 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0485  prophage lambdaba04, glycosyl hydrolase family protein 25  25.25 
 
 		 265 aa  46.2  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1721  glycoside hydrolase family protein  26.77 
 
 		 270 aa  46.6  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1311  autolytic lysozyme, putative  25.57 
 
 		 317 aa  45.8  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.23164  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2813  putative glycosyl hydrolase, family 25  26.26 
 
 		 268 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000152496 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4370  glycoside hydrolase family 25  26.47 
 
 		 283 aa  45.4  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.241431 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2833  endolysin  25.51 
 
 		 276 aa  45.4  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6080  glycoside hydrolase family 25  26.5 
 
 		 282 aa  45.8  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0369  glycosy hydrolase family protein  22.84 
 
 		 342 aa  45.4  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0797  glycoside hydrolase family 25  24.45 
 
 		 255 aa  45.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.140444 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1439  glycoside hydrolase family 25  27.8 
 
 		 340 aa  44.7  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4364  glycoside hydrolase family 25  24.24 
 
 		 278 aa  44.3  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0604  endolysin  24.75 
 
 		 266 aa  44.3  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3248  glycoside hydrolase family protein  26.83 
 
 		 263 aa  43.9  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226396  normal  0.397621 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3565  glycoside hydrolase family protein  26.83 
 
 		 263 aa  43.9  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1519  glycoside hydrolase family 25  26.43 
 
 		 245 aa  43.9  0.01  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140087  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3576  glycoside hydrolase family protein  24.24 
 
 		 268 aa  43.9  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0170489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>