63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0088 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0088  2',5' RNA ligase  100 
 
 
227 aa  429  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.531948  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7219  2'-5' RNA ligase  40.73 
 
 
224 aa  130  1e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.179856  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 
215 aa  77.8  1e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  39.38 
 
 
190 aa  77.4  1e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  38.69 
 
 
184 aa  72.8  4e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  38.51 
 
 
196 aa  70.5  2e-11  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  34.88 
 
 
188 aa  69.3  5e-11  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  37.58 
 
 
188 aa  66.2  4e-10  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  33.04 
 
 
182 aa  64.3  2e-09  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  32.92 
 
 
180 aa  62  7e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1628  2'-5' RNA ligase  33.54 
 
 
222 aa  61.6  1e-08  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.709746 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  33.54 
 
 
190 aa  60.8  2e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2113  2'-5' RNA ligase  38.85 
 
 
168 aa  59.7  3e-08  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0440288  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 
194 aa  59.3  4e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  2.62624e-05 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 
187 aa  57.8  1e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1320  2'-5' RNA ligase  34.52 
 
 
216 aa  56.6  3e-07  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.167347  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 
189 aa  56.2  4e-07  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17160  2'-5' RNA ligase  40 
 
 
196 aa  55.5  6e-07  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0177806  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 
186 aa  53.5  2e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  31.84 
 
 
190 aa  53.1  3e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  20.1 
 
 
189 aa  52.8  4e-06  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  28.88 
 
 
196 aa  50.4  2e-05  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0420  2'-5' RNA ligase  30.09 
 
 
192 aa  50.1  3e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  33.67 
 
 
183 aa  49.3  4e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 
192 aa  49.7  4e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  27.44 
 
 
179 aa  49.3  5e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  28.5 
 
 
195 aa  48.9  6e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  28.93 
 
 
184 aa  47.8  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  25.6 
 
 
187 aa  47.8  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  26.55 
 
 
195 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  24.16 
 
 
184 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 
196 aa  47.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 
199 aa  47.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 
179 aa  47.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 
196 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  27.33 
 
 
184 aa  46.6  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.85137e-13 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  27.96 
 
 
188 aa  46.6  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.16572e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.33 
 
 
190 aa  47  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 
194 aa  46.2  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  21.27 
 
 
190 aa  45.4  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  26.26 
 
 
178 aa  45.4  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  33.68 
 
 
178 aa  44.3  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.38 
 
 
193 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 
195 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  31.07 
 
 
185 aa  44.7  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  21 
 
 
182 aa  43.9  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  31.31 
 
 
186 aa  43.9  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 
184 aa  43.1  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5825  2'-5' RNA ligase  41.3 
 
 
153 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1728  2'-5' RNA ligase  30.91 
 
 
192 aa  43.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  26.39 
 
 
197 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  26.39 
 
 
197 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  25.76 
 
 
178 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  33.12 
 
 
179 aa  43.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  22.7 
 
 
184 aa  42.7  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  34.78 
 
 
187 aa  42.7  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  28.92 
 
 
185 aa  42  0.007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  25.25 
 
 
178 aa  42  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  27 
 
 
178 aa  42  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  26.8 
 
 
192 aa  42  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  35.05 
 
 
192 aa  41.6  0.01  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  26.63 
 
 
179 aa  41.6  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 
194 aa  41.6  0.01  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>