More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2558 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  100 
 
 		 294 aa  600  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  98.3 
 
 		 294 aa  594  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  82.53 
 
 		 294 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  82.53 
 
 		 294 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  82.53 
 
 		 294 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  82.53 
 
 		 294 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  82.19 
 
 		 294 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  74.66 
 
 		 294 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  44.4 
 
 		 290 aa  239  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.72 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2913  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.37 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.92 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.92 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.92 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.92 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001955  putative LysR-family regulatory protein  34.3 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.92 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  36.04 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  36.04 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  40.39 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  162  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 294 aa  162  7e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  161  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  162  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3076  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 294 aa  158  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1291  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3085  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1996  HTH-type transcriptional regulator XapR  34.48 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.376345  hitchhiker  0.00000153668 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  37.4 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.02 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 296 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  35.19 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 323 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 317 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  38.17 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  38.17 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  38.17 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>