More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A0610 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
210 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  99.52 
 
 
210 aa  427  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  100 
 
 
210 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  100 
 
 
210 aa  428  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  100 
 
 
210 aa  428  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  99.52 
 
 
210 aa  427  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  99.52 
 
 
210 aa  427  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  99.05 
 
 
210 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  99.48 
 
 
199 aa  390  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  71.9 
 
 
210 aa  317  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  71.9 
 
 
210 aa  317  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  71.9 
 
 
210 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  71.9 
 
 
210 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  71.9 
 
 
210 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  62.86 
 
 
210 aa  281  4e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
210 aa  201  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  48.31 
 
 
210 aa  201  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  47.83 
 
 
210 aa  199  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  42.51 
 
 
209 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.36161e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  42.03 
 
 
209 aa  163  2e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  39.11 
 
 
210 aa  161  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.49 
 
 
202 aa  155  5e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
212 aa  151  6e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  38.16 
 
 
207 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
209 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  37.68 
 
 
207 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  35.44 
 
 
208 aa  148  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.44 
 
 
208 aa  148  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
207 aa  147  1e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
236 aa  146  2e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  35.5 
 
 
207 aa  146  2e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
208 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  38.16 
 
 
207 aa  144  7e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  38.16 
 
 
207 aa  144  7e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  34.13 
 
 
220 aa  144  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.81929e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
213 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 
213 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
208 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  36.71 
 
 
212 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
203 aa  141  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
232 aa  141  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
208 aa  139  4e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 
208 aa  138  5e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
206 aa  138  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  34.6 
 
 
207 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
205 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
205 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  31.88 
 
 
209 aa  134  7e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
207 aa  134  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
204 aa  131  8e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0522  LuxR response regulator receiver  33.17 
 
 
212 aa  129  2e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000276468  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
207 aa  126  2e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.34 
 
 
204 aa  125  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
207 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.34 
 
 
204 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
217 aa  122  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
204 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
235 aa  119  4e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 
210 aa  119  4e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
214 aa  118  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
211 aa  118  8e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.92 
 
 
220 aa  117  8e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.08 
 
 
218 aa  118  8e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  35.1 
 
 
215 aa  117  2e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
210 aa  115  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
208 aa  116  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  30.1 
 
 
210 aa  114  7e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
211 aa  114  1e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  29.61 
 
 
210 aa  114  1e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
204 aa  114  1e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
213 aa  113  2e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  32.18 
 
 
204 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06590  DNA-binding response regulator, LuxR family protein  32.37 
 
 
210 aa  112  3e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
223 aa  112  4e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 
213 aa  112  4e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1595  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 
209 aa  112  4e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167261 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
226 aa  112  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
213 aa  111  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
216 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.267154  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.6 
 
 
218 aa  111  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6351  two component LuxR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
244 aa  111  9e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  27.18 
 
 
219 aa  110  1e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.33 
 
 
215 aa  110  1e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
210 aa  111  1e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
216 aa  111  1e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 
214 aa  110  1e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5941  two component LuxR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
206 aa  110  1e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234506  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
209 aa  110  2e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
215 aa  109  2e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.08 
 
 
235 aa  110  2e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
209 aa  110  2e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  27.54 
 
 
214 aa  110  2e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  27.18 
 
 
219 aa  110  2e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>