More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0085 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0085  30S ribosomal protein S3  100 
 
 
213 aa  430  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0561951 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  95.73 
 
 
212 aa  414  1e-115  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  92.02 
 
 
213 aa  407  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  6.14716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  90.61 
 
 
213 aa  396  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  79.34 
 
 
213 aa  364  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  76.56 
 
 
212 aa  329  2e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  2.86487e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  63.81 
 
 
210 aa  294  7e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.77493e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  63.33 
 
 
210 aa  290  9e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.89266e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  67.15 
 
 
233 aa  290  1e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 
211 aa  288  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.77184e-14 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  62.02 
 
 
211 aa  288  5e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  61.9 
 
 
211 aa  285  4e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  62.38 
 
 
210 aa  284  6e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  60.48 
 
 
211 aa  280  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.11736e-06  hitchhiker  1.69292e-09 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  62.8 
 
 
223 aa  280  2e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  60.95 
 
 
210 aa  277  8e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.11374e-05  hitchhiker  9.5719e-05 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  62.26 
 
 
216 aa  277  8e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  60.87 
 
 
219 aa  277  8e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  60.87 
 
 
210 aa  276  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  60.58 
 
 
221 aa  270  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  6.49554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 
220 aa  266  1e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  59.72 
 
 
243 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  59.05 
 
 
223 aa  266  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  59.72 
 
 
243 aa  265  3e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1917  ribosomal protein S3  60.39 
 
 
224 aa  265  3e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.652876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  60.87 
 
 
224 aa  265  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  60.87 
 
 
224 aa  265  4e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  60.87 
 
 
224 aa  265  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  61.06 
 
 
237 aa  263  1e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 
231 aa  261  5e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  58.77 
 
 
237 aa  261  5e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  55.61 
 
 
236 aa  261  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.03964e-07  hitchhiker  1.8675e-06 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  58.77 
 
 
249 aa  261  6e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  59.81 
 
 
222 aa  260  9e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.2444e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  58.69 
 
 
220 aa  260  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  3.39097e-10 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23410  SSU ribosomal protein S3P  60.39 
 
 
244 aa  260  1e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  4.15625e-06  hitchhiker  1.43523e-07 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  58.69 
 
 
228 aa  259  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
236 aa  259  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
236 aa  259  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  59.15 
 
 
232 aa  259  2e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 
236 aa  258  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 
219 aa  258  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  59.24 
 
 
236 aa  258  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  56.81 
 
 
232 aa  258  6e-68  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  58.17 
 
 
222 aa  258  6e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.20467e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  58.85 
 
 
223 aa  258  7e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 
236 aa  257  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.14905e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  58.65 
 
 
241 aa  257  1e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  58.17 
 
 
218 aa  257  1e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  56.34 
 
 
232 aa  257  1e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  5.85037e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 
236 aa  257  1e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  2.20755e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  58.29 
 
 
239 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2172  ribosomal protein S3  57.62 
 
 
237 aa  256  2e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.686933  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  58.65 
 
 
220 aa  256  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  55.29 
 
 
286 aa  256  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 
244 aa  256  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  56.4 
 
 
235 aa  255  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 
261 aa  255  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  4.69297e-08 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  57.82 
 
 
241 aa  255  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  58.29 
 
 
248 aa  255  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  57.82 
 
 
248 aa  254  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  57.14 
 
 
225 aa  254  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  57.82 
 
 
248 aa  254  5e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  56.19 
 
 
225 aa  254  6e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3661  ribosomal protein S3  55.07 
 
 
219 aa  253  1e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.78065e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  60.19 
 
 
224 aa  253  1e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  6.25588e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3999  ribosomal protein S3  56.04 
 
 
223 aa  252  2e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.217214  normal  0.669985 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  53.81 
 
 
262 aa  252  3e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  58.29 
 
 
252 aa  252  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  5.19283e-05  hitchhiker  3.02048e-06 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6043  30S ribosomal protein S3  53.77 
 
 
325 aa  251  4e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.80949  normal  0.136813 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 
244 aa  252  4e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  4.71597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  57.35 
 
 
252 aa  251  4e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  57.35 
 
 
248 aa  252  4e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  57.35 
 
 
251 aa  252  4e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  55.29 
 
 
256 aa  251  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  3.90716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
235 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0852  30S ribosomal protein S3  56.81 
 
 
228 aa  251  7e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0588  30S ribosomal protein S3  53.77 
 
 
315 aa  251  7e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  55.77 
 
 
226 aa  251  8e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
232 aa  251  8e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 
278 aa  250  9e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  54.67 
 
 
221 aa  249  1e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  9.5133e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
236 aa  250  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0220  ribosomal protein S3  57.62 
 
 
210 aa  250  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
232 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  55.87 
 
 
226 aa  250  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  55.77 
 
 
245 aa  250  1e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 
233 aa  249  2e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  5.97186e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
238 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  57.35 
 
 
232 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  57.69 
 
 
232 aa  249  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  58.96 
 
 
229 aa  249  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.2982e-06  decreased coverage  4.84078e-05 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  56.1 
 
 
288 aa  249  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  57.01 
 
 
230 aa  249  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.84252e-09  unclonable  7.95871e-06 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  57.82 
 
 
238 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 
285 aa  249  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71657e-05 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  57.94 
 
 
226 aa  249  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  58.41 
 
 
228 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  56.34 
 
 
240 aa  249  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  57.69 
 
 
224 aa  249  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  1.34918e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>