More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3814 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3814  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 433 aa  900    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.866873  normal  0.501976 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3859  serine hydroxymethyltransferase  72.71 
 
 		 423 aa  653    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4970  Glycine hydroxymethyltransferase  81 
 
 		 428 aa  720    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00413503  hitchhiker  0.000000000000204325 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3410  serine hydroxymethyltransferase  70.96 
 
 		 424 aa  642    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.751124  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3633  serine hydroxymethyltransferase  75.12 
 
 		 431 aa  692    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09233  serine hydroxymethyltransferase  67.91 
 
 		 439 aa  626  1e-178  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.293634  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7293  Glycine hydroxymethyltransferase  66.74 
 
 		 425 aa  622  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1617  serine hydroxymethyltransferase  67.92 
 
 		 424 aa  616  1e-175  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0275  serine hydroxymethyltransferase  67.45 
 
 		 422 aa  613  9.999999999999999e-175  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.246164 
 
 
-
 
NC_002950  PG0042  serine hydroxymethyltransferase  64.64 
 
 		 426 aa  588  1e-167  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1789  serine hydroxymethyltransferase  61.02 
 
 		 438 aa  533  1e-150  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1965  serine hydroxymethyltransferase  60.79 
 
 		 441 aa  531  1e-150  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.128494  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0127  Glycine hydroxymethyltransferase  60.14 
 
 		 435 aa  531  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0727  serine hydroxymethyltransferase  61.45 
 
 		 438 aa  532  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0630  serine hydroxymethyltransferase  61.86 
 
 		 440 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0601  serine hydroxymethyltransferase  60.23 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1590  serine hydroxymethyltransferase  60.79 
 
 		 440 aa  523  1e-147  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.079275 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0584  serine hydroxymethyltransferase  59.82 
 
 		 440 aa  523  1e-147  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0130889  normal  0.707508 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1155  serine hydroxymethyltransferase  58.29 
 
 		 436 aa  516  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0389  serine hydroxymethyltransferase  58.06 
 
 		 436 aa  516  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285606 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  57.04 
 
 		 423 aa  491  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  54.73 
 
 		 415 aa  487  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  55.71 
 
 		 416 aa  487  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  55.3 
 
 		 423 aa  486  1e-136  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  56.57 
 
 		 423 aa  486  1e-136  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  55.66 
 
 		 415 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  54.5 
 
 		 415 aa  484  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  54.5 
 
 		 415 aa  478  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24721  serine hydroxymethyltransferase  55.04 
 
 		 424 aa  481  1e-134  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  54.57 
 
 		 431 aa  478  1e-134  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  55.2 
 
 		 415 aa  479  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0282  serine hydroxymethyltransferase  55.42 
 
 		 427 aa  480  1e-134  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  54.61 
 
 		 423 aa  481  1e-134  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2076  serine hydroxymethyltransferase  57.78 
 
 		 427 aa  475  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.745833  hitchhiker  0.000706319 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02841  serine hydroxymethyltransferase  54.95 
 
 		 416 aa  476  1e-133  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  55.42 
 
 		 427 aa  474  1e-132  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0756  serine hydroxymethyltransferase  54.46 
 
 		 425 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0782  serine hydroxymethyltransferase  54.46 
 
 		 425 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2660  serine hydroxymethyltransferase  54.69 
 
 		 425 aa  472  1e-132  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  52.35 
 
 		 412 aa  468  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  53.58 
 
 		 418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2091  serine hydroxymethyltransferase  54.12 
 
 		 429 aa  470  1.0000000000000001e-131  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0221  serine hydroxymethyltransferase  55.35 
 
 		 412 aa  471  1.0000000000000001e-131  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  52.66 
 
 		 415 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  55.9 
 
 		 417 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03361  serine hydroxymethyltransferase  53.88 
 
 		 411 aa  465  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.498926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  53.77 
 
 		 415 aa  466  9.999999999999999e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  53.58 
 
 		 413 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  52.19 
 
 		 412 aa  464  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  53.41 
 
 		 417 aa  463  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020982  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  52.19 
 
 		 412 aa  464  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  52.76 
 
 		 412 aa  462  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  54.01 
 
 		 422 aa  461  1e-129  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  52.22 
 
 		 420 aa  462  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4027  glycine hydroxymethyltransferase  54.46 
 
 		 421 aa  460  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17117  normal  0.0123375 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0959  Glycine hydroxymethyltransferase  52.19 
 
 		 410 aa  458  9.999999999999999e-129  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.587194  normal  0.162631 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1624  serine hydroxymethyltransferase  53.41 
 
 		 411 aa  461  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  52.36 
 
 		 415 aa  461  9.999999999999999e-129  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  53.76 
 
 		 413 aa  459  9.999999999999999e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4802  serine hydroxymethyltransferase  55.42 
 
 		 427 aa  459  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  53.12 
 
 		 417 aa  460  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0841  glycine hydroxymethyltransferase  53.07 
 
 		 417 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.33053  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1344  serine hydroxymethyltransferase  54.25 
 
 		 417 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.538197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  52.35 
 
 		 411 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  53.05 
 
 		 414 aa  456  1e-127  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4513  serine hydroxymethyltransferase  52.79 
 
 		 417 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0695784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3162  serine hydroxymethyltransferase  52.58 
 
 		 413 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  53.41 
 
 		 415 aa  455  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  53.77 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6203  serine hydroxymethyltransferase  54.21 
 
 		 417 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0377267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  52.93 
 
 		 419 aa  456  1e-127  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584892  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1557  serine hydroxymethyltransferase  53.3 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3468  serine hydroxymethyltransferase  56.03 
 
 		 418 aa  457  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71460  serine hydroxymethyltransferase  53.97 
 
 		 417 aa  455  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0197843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0703  serine hydroxymethyltransferase  52.33 
 
 		 417 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1678  serine hydroxymethyltransferase  54.23 
 
 		 426 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0671  serine hydroxymethyltransferase  52.33 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2807  serine hydroxymethyltransferase  53.07 
 
 		 418 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0316342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  51.4 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3097  serine hydroxymethyltransferase  53.41 
 
 		 412 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  53.3 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2858  serine hydroxymethyltransferase  52.36 
 
 		 412 aa  454  1.0000000000000001e-126  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193114 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  52.33 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  53.85 
 
 		 424 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  52.11 
 
 		 420 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  51.27 
 
 		 416 aa  452  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  53.35 
 
 		 429 aa  451  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0775  serine hydroxymethyltransferase  53.47 
 
 		 415 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0739852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1142  serine hydroxymethyltransferase  54.25 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.510367  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0323  serine hydroxymethyltransferase  53.47 
 
 		 415 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  52.9 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  53.69 
 
 		 437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  53.54 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.383314 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1160  serine hydroxymethyltransferase  53.54 
 
 		 417 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0702  serine hydroxymethyltransferase  52.33 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0603318  normal  0.0336909 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1209  serine hydroxymethyltransferase  53.52 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0683  serine hydroxymethyltransferase  53.7 
 
 		 431 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0806  serine hydroxymethyltransferase  53.47 
 
 		 415 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1094  serine hydroxymethyltransferase  53.54 
 
 		 417 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.412028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  53.6 
 
 		 432 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>