More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1617 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1617  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 424 aa  868    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09233  serine hydroxymethyltransferase  72.27 
 
 		 439 aa  658    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.293634  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3410  serine hydroxymethyltransferase  76.65 
 
 		 424 aa  689    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.751124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3859  serine hydroxymethyltransferase  69.67 
 
 		 423 aa  633  1e-180  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3633  serine hydroxymethyltransferase  69.05 
 
 		 431 aa  622  1e-177  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3814  serine hydroxymethyltransferase  67.92 
 
 		 433 aa  616  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.866873  normal  0.501976 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4970  Glycine hydroxymethyltransferase  69.06 
 
 		 428 aa  617  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00413503  hitchhiker  0.000000000000204325 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7293  Glycine hydroxymethyltransferase  67.06 
 
 		 425 aa  600  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0275  serine hydroxymethyltransferase  66.51 
 
 		 422 aa  594  1e-168  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.246164 
 
 
-
 
NC_002950  PG0042  serine hydroxymethyltransferase  63.38 
 
 		 426 aa  561  1.0000000000000001e-159  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1155  serine hydroxymethyltransferase  64.89 
 
 		 436 aa  554  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0389  serine hydroxymethyltransferase  64.65 
 
 		 436 aa  550  1e-155  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285606 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0127  Glycine hydroxymethyltransferase  60.56 
 
 		 435 aa  543  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1789  serine hydroxymethyltransferase  61.77 
 
 		 438 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0601  serine hydroxymethyltransferase  60.75 
 
 		 440 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1965  serine hydroxymethyltransferase  63.2 
 
 		 441 aa  531  1e-150  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.128494  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0630  serine hydroxymethyltransferase  62.21 
 
 		 440 aa  531  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1590  serine hydroxymethyltransferase  61.21 
 
 		 440 aa  531  1e-149  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.079275 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0727  serine hydroxymethyltransferase  61.07 
 
 		 438 aa  522  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0584  serine hydroxymethyltransferase  60.8 
 
 		 440 aa  522  1e-147  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0130889  normal  0.707508 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  59.48 
 
 		 415 aa  504  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  58.25 
 
 		 416 aa  504  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  58.67 
 
 		 415 aa  499  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3097  serine hydroxymethyltransferase  60.19 
 
 		 412 aa  498  1e-140  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0175089 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  59.19 
 
 		 415 aa  496  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  58.81 
 
 		 415 aa  497  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1854  serine hydroxymethyltransferase  60.38 
 
 		 412 aa  496  1e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  58.71 
 
 		 412 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  57.38 
 
 		 415 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  57.72 
 
 		 415 aa  490  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  57.14 
 
 		 415 aa  490  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  59.38 
 
 		 410 aa  491  1e-137  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  59.14 
 
 		 410 aa  489  1e-137  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1418  serine hydroxymethyltransferase  57.11 
 
 		 420 aa  489  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0614522  normal  0.461409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  59.05 
 
 		 413 aa  491  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  58.19 
 
 		 418 aa  485  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2316  serine hydroxymethyltransferase  55.92 
 
 		 412 aa  486  1e-136  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1617  serine hydroxymethyltransferase  58.29 
 
 		 414 aa  485  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1141  serine hydroxymethyltransferase  60.15 
 
 		 414 aa  487  1e-136  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.217478  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  57.48 
 
 		 411 aa  481  1e-135  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 		 414 aa  482  1e-135  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  57.48 
 
 		 412 aa  483  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  56.53 
 
 		 413 aa  478  1e-134  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 		 413 aa  479  1e-134  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 		 413 aa  479  1e-134  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 		 414 aa  480  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0260  serine hydroxymethyltransferase  57.35 
 
 		 423 aa  478  1e-134  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 		 413 aa  480  1e-134  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02911  serine hydroxymethyltransferase  57.35 
 
 		 423 aa  479  1e-134  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1142  serine hydroxymethyltransferase  56.19 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.510367  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1813  serine hydroxymethyltransferase  55.82 
 
 		 414 aa  479  1e-134  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 		 413 aa  481  1e-134  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0841  glycine hydroxymethyltransferase  55.61 
 
 		 417 aa  479  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.33053  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  56.8 
 
 		 412 aa  479  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  56.56 
 
 		 420 aa  479  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02811  serine hydroxymethyltransferase  57.48 
 
 		 423 aa  481  1e-134  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  56.64 
 
 		 412 aa  476  1e-133  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  56.64 
 
 		 412 aa  476  1e-133  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 		 414 aa  477  1e-133  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16130  Glycine hydroxymethyltransferase  58.03 
 
 		 412 aa  477  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  56.77 
 
 		 413 aa  477  1e-133  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2082  serine hydroxymethyltransferase  55.92 
 
 		 419 aa  475  1e-133  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584892  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  56.06 
 
 		 413 aa  474  1e-133  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  57.04 
 
 		 422 aa  476  1e-133  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  56.32 
 
 		 417 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3162  serine hydroxymethyltransferase  56.4 
 
 		 413 aa  474  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0221  serine hydroxymethyltransferase  57.52 
 
 		 412 aa  475  1e-133  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0226  serine hydroxymethyltransferase  57.46 
 
 		 414 aa  477  1e-133  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.667379  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02801  serine hydroxymethyltransferase  57.01 
 
 		 423 aa  477  1e-133  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.632622  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  55.61 
 
 		 417 aa  475  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1463  glycine hydroxymethyltransferase  55.18 
 
 		 415 aa  472  1e-132  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1093  serine hydroxymethyltransferase  55.48 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0445  serine hydroxymethyltransferase  55 
 
 		 417 aa  473  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000471586  hitchhiker  0.0000012571 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2780  serine hydroxymethyltransferase  55.61 
 
 		 417 aa  471  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1158  serine hydroxymethyltransferase  55 
 
 		 417 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000444868  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1265  serine hydroxymethyltransferase  55 
 
 		 417 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000077829  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  55.82 
 
 		 413 aa  472  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.383314 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1160  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  56 
 
 		 424 aa  473  1e-132  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1094  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.412028  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  55.92 
 
 		 412 aa  471  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2762  serine hydroxymethyltransferase  55 
 
 		 417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3044  serine hydroxymethyltransferase  55 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.196975  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3471  serine hydroxymethyltransferase  55.37 
 
 		 417 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4270  serine hydroxymethyltransferase  55.85 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3161  serine hydroxymethyltransferase  55.13 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.261571  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  55.37 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0253  serine hydroxymethyltransferase  56.16 
 
 		 431 aa  471  1.0000000000000001e-131  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.604159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2432  serine hydroxymethyltransferase  58.53 
 
 		 412 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.139104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  55.37 
 
 		 416 aa  469  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  55.13 
 
 		 417 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1209  serine hydroxymethyltransferase  55.37 
 
 		 417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3305  serine hydroxymethyltransferase  55.37 
 
 		 417 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.297219  hitchhiker  0.000907019 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4513  serine hydroxymethyltransferase  55.61 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0695784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1033  serine hydroxymethyltransferase  55.61 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414818  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  55.16 
 
 		 423 aa  469  1.0000000000000001e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0810  serine hydroxymethyltransferase  58.23 
 
 		 414 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.210619  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3162  serine hydroxymethyltransferase  55.13 
 
 		 417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.911286  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4898  glycine hydroxymethyltransferase  54.63 
 
 		 427 aa  466  9.999999999999999e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>