165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1709 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 267 aa  546  1e-154  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  55.88 
 
 		 258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  39.84 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  38.15 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  34.48 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  31.94 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  36.7 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  32 
 
 		 275 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  28.62 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  29.35 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  28.31 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 275 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  27.4 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  42.11 
 
 		 264 aa  96.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  30.86 
 
 		 271 aa  92.4  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  26.49 
 
 		 272 aa  92  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  27.05 
 
 		 312 aa  92  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  40.74 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  39.81 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  24.34 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  23.01 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  28.1 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  24.41 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  31.67 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  24.51 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  32.28 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  33.03 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  23.19 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  33.98 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  28.64 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  21.72 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  23.16 
 
 		 335 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  28.76 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  21.59 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  24.42 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  34.82 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  23.92 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  26.24 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  24.71 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  29.85 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  25.49 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1108  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.71 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.866947  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  24.6 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  33.67 
 
 		 241 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  21.56 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  26.87 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  30.53 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  24.8 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  23.05 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  24.18 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  27.27 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  27.27 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  27.18 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  27.18 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  27.18 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  27.37 
 
 		 487 aa  58.9  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  25.35 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  24.19 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  25.35 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  24.88 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  24.88 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  27.88 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  24.88 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  24.88 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  24.88 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  30.2 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  24.88 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  24.88 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  24.88 
 
 		 263 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  23.2 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  25 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  29.13 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  29.13 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  23.95 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  29.13 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  29.13 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  25.4 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  24.39 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  24.39 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  29.36 
 
 		 328 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  29.9 
 
 		 329 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  24.39 
 
 		 263 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  27.57 
 
 		 273 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  29.13 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  29.13 
 
 		 250 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  29.13 
 
 		 250 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4088  TPR repeat-containing protein  31.63 
 
 		 1057 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.475202  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  29.13 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  22.56 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  22.53 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  26.98 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2327  TPR repeat-containing protein  37.65 
 
 		 1023 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.930727  normal  0.708749 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  29.13 
 
 		 249 aa  54.7  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  23.41 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1518  TPR repeat-containing protein  24.29 
 
 		 293 aa  53.5  0.000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00160085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  26.21 
 
 		 266 aa  53.1  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  24.29 
 
 		 248 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  27.84 
 
 		 272 aa  52.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>