More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5134 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5134  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  100 
 
 		 349 aa  681    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180892  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  85.1 
 
 		 345 aa  560  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0872  Monosaccharide-transporting ATPase  73.48 
 
 		 327 aa  444  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.320863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  68.48 
 
 		 343 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6314  monosaccharide-transporting ATPase  68.19 
 
 		 343 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.359966 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6473  inner-membrane translocator  68.48 
 
 		 343 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.760723  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6708  inner-membrane translocator  68.48 
 
 		 343 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46964  normal  0.292611 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5472  Monosaccharide-transporting ATPase  71.01 
 
 		 343 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.614199  normal  0.795246 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1253  monosaccharide-transporting ATPase  69.63 
 
 		 349 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1227  inner-membrane translocator  69.34 
 
 		 349 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  49 
 
 		 322 aa  245  6e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  41.99 
 
 		 350 aa  243  3e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  41.49 
 
 		 334 aa  242  7e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  40.87 
 
 		 334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  40.42 
 
 		 334 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  40.42 
 
 		 334 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  42.18 
 
 		 342 aa  238  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 324 aa  236  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  40.22 
 
 		 342 aa  235  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  40.22 
 
 		 342 aa  235  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  41.54 
 
 		 334 aa  233  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  43.08 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  42.51 
 
 		 339 aa  231  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  44.14 
 
 		 325 aa  230  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  42.77 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  42.77 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  39.6 
 
 		 334 aa  228  9e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02651  Ribose transport system permease protein rbsC  42.9 
 
 		 327 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  42.46 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  42.46 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  42.46 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  43.08 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  42.46 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 345 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0947  inner-membrane translocator  46.77 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 345 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  39.6 
 
 		 345 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  45.27 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  42.15 
 
 		 311 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  42.81 
 
 		 336 aa  226  4e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.88 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  41.85 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  41.85 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  39.26 
 
 		 341 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  41.77 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 345 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  39.04 
 
 		 333 aa  224  2e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  42.99 
 
 		 333 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  44.34 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  38.33 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  40.46 
 
 		 338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  38.33 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  38.33 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  44.58 
 
 		 311 aa  219  6e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  40.46 
 
 		 345 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  44.1 
 
 		 835 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  44.1 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  41.46 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02612  hypothetical protein  46.55 
 
 		 276 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3165  Monosaccharide-transporting ATPase  42.9 
 
 		 310 aa  218  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  43.48 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 331 aa  215  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  41.64 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  42.63 
 
 		 315 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  41.36 
 
 		 354 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4009  inner-membrane translocator  41.38 
 
 		 336 aa  212  5.999999999999999e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  43.57 
 
 		 348 aa  212  7e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  45.1 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  40.73 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7475  monosaccharide-transporting ATPase  41.48 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  40.83 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  41.83 
 
 		 328 aa  209  4e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2807  inner-membrane translocator  40.12 
 
 		 338 aa  209  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1349  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.82 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1133  monosaccharide-transporting ATPase  37.64 
 
 		 359 aa  208  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000291616  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  39.78 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  41.04 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  38.78 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1063  monosaccharide-transporting ATPase  44 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  38.37 
 
 		 345 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  38.1 
 
 		 346 aa  206  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  39.62 
 
 		 315 aa  205  8e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  42.22 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2904  Monosaccharide-transporting ATPase  45.34 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0339421 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  40.75 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  42.11 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  37.83 
 
 		 333 aa  203  3e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5319  inner-membrane translocator  41.43 
 
 		 342 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  38.77 
 
 		 318 aa  204  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  42.24 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  38.73 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 326 aa  202  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1397  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.22 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163625  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  40.12 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2853  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>