80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1655 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1655  hypothetical protein  100 
 
 		 271 aa  551  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  24.08 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  27.93 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  23.67 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 285 aa  54.3  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  25 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 244 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 252 aa  53.1  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  23.17 
 
 		 287 aa  52.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 272 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 259 aa  53.1  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  21.67 
 
 		 272 aa  52.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 272 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 275 aa  52.4  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 345 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  19.92 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 282 aa  50.1  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  19.92 
 
 		 254 aa  49.3  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  22.66 
 
 		 281 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.49 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4901  AraC family transcriptional regulator  20.79 
 
 		 297 aa  47.4  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  29.61 
 
 		 297 aa  47  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  23.84 
 
 		 269 aa  46.6  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.14 
 
 		 252 aa  46.6  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 279 aa  46.2  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 256 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  24.67 
 
 		 275 aa  45.4  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  20.83 
 
 		 288 aa  45.4  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 257 aa  45.4  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3030  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3086  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000257264  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.69 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2943  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0314532  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 267 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  27.5 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 310 aa  44.3  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 311 aa  43.9  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 278 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 275 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 309 aa  43.9  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 262 aa  43.9  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 271 aa  43.9  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 276 aa  43.5  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  23.3 
 
 		 273 aa  43.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  24.67 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.57 
 
 		 239 aa  43.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4046  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 297 aa  43.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 305 aa  42.7  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0023  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 297 aa  42.7  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 292 aa  42.7  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4189  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 297 aa  42.7  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  29.67 
 
 		 1334 aa  42.7  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5113  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 297 aa  42.4  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.52445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.85 
 
 		 307 aa  42.7  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 347 aa  42.7  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03507  hypothetical protein  24.85 
 
 		 307 aa  42.7  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.702446  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 289 aa  42.4  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 282 aa  42.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 275 aa  42.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 300 aa  42.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 277 aa  42  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 268 aa  42  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>