More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0535 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  100 
 
 		 401 aa  801    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  48.09 
 
 		 362 aa  263  4e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  45.28 
 
 		 327 aa  260  3e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  43.15 
 
 		 326 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  48.16 
 
 		 318 aa  248  2e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  44.09 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  43.49 
 
 		 333 aa  232  7.000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 324 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  41.9 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.24 
 
 		 317 aa  229  7e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 331 aa  228  1e-58  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  41.48 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  43.03 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 340 aa  223  7e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  41.59 
 
 		 372 aa  221  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.54 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.14 
 
 		 307 aa  218  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  41.49 
 
 		 322 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  41.51 
 
 		 324 aa  214  2.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  42 
 
 		 297 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  40.42 
 
 		 316 aa  207  3e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3103  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 340 aa  206  7e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60376 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  44.26 
 
 		 359 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4924  inner-membrane translocator  39.89 
 
 		 358 aa  199  6e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150164  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  41.82 
 
 		 415 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 347 aa  196  6e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  41.77 
 
 		 407 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4259  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  43.75 
 
 		 352 aa  196  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.39 
 
 		 339 aa  192  9e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  40.79 
 
 		 407 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4393  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 353 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4414  inner-membrane translocator  43.44 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 376 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  41.06 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 327 aa  186  8e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1035  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.17 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.977456  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  38.64 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0772  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 		 350 aa  183  5.0000000000000004e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.136837  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1160  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.78 
 
 		 350 aa  182  7e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.625358  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.42 
 
 		 423 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 328 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.42 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  36 
 
 		 318 aa  179  8e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.66 
 
 		 418 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 435 aa  177  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1067  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0499919  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 372 aa  176  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  37.24 
 
 		 606 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.33 
 
 		 421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  38.32 
 
 		 389 aa  174  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.86 
 
 		 423 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.04 
 
 		 421 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.86 
 
 		 427 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.86 
 
 		 427 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 347 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.08 
 
 		 418 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.66 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.42 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.34 
 
 		 418 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 358 aa  171  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.23 
 
 		 418 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 452 aa  170  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 398 aa  170  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 363 aa  170  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 399 aa  170  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 317 aa  170  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 357 aa  170  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.39 
 
 		 423 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.39 
 
 		 423 aa  169  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.84 
 
 		 423 aa  169  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.39 
 
 		 423 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1390  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.98 
 
 		 389 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 321 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.39 
 
 		 423 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.06 
 
 		 423 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.39 
 
 		 423 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.77 
 
 		 412 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.01 
 
 		 417 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 443 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  36.31 
 
 		 593 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.71 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.71 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.71 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.71 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.71 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 345 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 389 aa  166  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>