More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2079 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  100 
 
 
255 aa  509  1e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1800  short chain dehydrogenase  80.38 
 
 
260 aa  401  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.837228 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  76.06 
 
 
259 aa  404  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1634  short chain dehydrogenase  81.75 
 
 
265 aa  395  1e-109  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213832  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  77.95 
 
 
254 aa  395  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  73.73 
 
 
258 aa  388  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  72.94 
 
 
255 aa  382  1e-105  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  69.41 
 
 
257 aa  377  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  69.41 
 
 
257 aa  377  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  71.15 
 
 
257 aa  377  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  69.41 
 
 
257 aa  377  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  69.02 
 
 
257 aa  372  1e-102  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  69.29 
 
 
255 aa  347  1e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
257 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  48.69 
 
 
292 aa  254  8e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  49.61 
 
 
257 aa  239  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
283 aa  240  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06655  short-chain dehydrogenase/reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03520)  46.36 
 
 
279 aa  229  2e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
256 aa  223  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.56 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
246 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
256 aa  195  5.000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
251 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.6 
 
 
246 aa  188  9e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  38.89 
 
 
247 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.37 
 
 
246 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.4 
 
 
255 aa  185  6e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  39.2 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
255 aa  183  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  42.46 
 
 
253 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
252 aa  182  7e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  42.46 
 
 
253 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
249 aa  180  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
256 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
253 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
256 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.34 
 
 
249 aa  176  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
255 aa  176  4e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
265 aa  175  7e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
270 aa  175  8e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
255 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
250 aa  172  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
253 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
253 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
248 aa  170  2e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
249 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
251 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 
246 aa  169  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
254 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
250 aa  169  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
251 aa  169  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
247 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
260 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
269 aa  168  8e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  41.47 
 
 
261 aa  168  8e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
252 aa  168  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
251 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.04 
 
 
299 aa  168  9e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
252 aa  168  9e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  42.63 
 
 
261 aa  167  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
256 aa  168  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
246 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 
254 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
256 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.22 
 
 
252 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
250 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
256 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.98 
 
 
288 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
247 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.76 
 
 
262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1283  short-chain type dehydrogenase/reductase  39.46 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.73 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.727774  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
277 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
267 aa  165  5e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
268 aa  166  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
252 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
282 aa  164  9e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.2 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  42.46 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>