48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0051 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_0051    100 
 
 		 1008 bp  1998    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  98.52 
 
 		 1011 bp  1871    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  87.5 
 
 		 1353 bp  63.9  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  91.49 
 
 		 2070 bp  61.9  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  83.02 
 
 		 1032 bp  60  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6436  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  88.68 
 
 		 4245 bp  58  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.013222 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4044  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  96.97 
 
 		 2109 bp  58  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0246164  normal  0.385301 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  96.88 
 
 		 1254 bp  56  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4300  diguanylate cyclase  87.5 
 
 		 1743 bp  56  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.630013  normal  0.078005 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  96.88 
 
 		 1374 bp  56  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  86.44 
 
 		 2064 bp  54  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.31 
 
 		 2229 bp  54  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  87.27 
 
 		 1068 bp  54  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  94.29 
 
 		 2058 bp  54  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  96.77 
 
 		 1887 bp  54  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  96.77 
 
 		 1074 bp  54  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  89.13 
 
 		 4098 bp  52  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.11 
 
 		 2229 bp  52  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  94.12 
 
 		 1374 bp  52  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  96.67 
 
 		 1869 bp  52  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  94.12 
 
 		 1008 bp  52  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  90.48 
 
 		 1572 bp  52  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  90.48 
 
 		 2055 bp  52  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  96.55 
 
 		 2511 bp  50.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  93.94 
 
 		 2247 bp  50.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  90.24 
 
 		 2106 bp  50.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  96.55 
 
 		 1254 bp  50.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1565  diguanylate cyclase  93.94 
 
 		 465 bp  50.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.286065  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1318  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  93.94 
 
 		 2163 bp  50.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.939542  normal  0.14823 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.89 
 
 		 2328 bp  50.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  96.55 
 
 		 1782 bp  50.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  93.94 
 
 		 3285 bp  50.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  90.24 
 
 		 981 bp  50.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.24 
 
 		 1926 bp  50.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  93.75 
 
 		 1179 bp  48.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  93.75 
 
 		 2157 bp  48.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1763  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  90 
 
 		 933 bp  48.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.816449  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1803  diguanylate cyclase  87.5 
 
 		 1560 bp  48.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00715144  normal  0.974304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  93.75 
 
 		 924 bp  48.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1685  diguanylate cyclase  87.5 
 
 		 1158 bp  48.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  93.75 
 
 		 2310 bp  48.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  100 
 
 		 1905 bp  48.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2653  diguanylate cyclase  91.67 
 
 		 1194 bp  48.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170151 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1493  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 1158 bp  48.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  90 
 
 		 1956 bp  48.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.64 
 
 		 2082 bp  48.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.64 
 
 		 2160 bp  48.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18474  hitchhiker  0.0082739 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1108  terminase GpA  93.75 
 
 		 1920 bp  48.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>