More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0069 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  100 
 
 
214 aa  437  1e-122  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  100 
 
 
214 aa  437  1e-122  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  64.76 
 
 
227 aa  280  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  65.71 
 
 
213 aa  279  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4399  radical SAM family protein  62.15 
 
 
215 aa  277  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  62.79 
 
 
215 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  62.33 
 
 
226 aa  275  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  62.15 
 
 
215 aa  274  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  62.15 
 
 
215 aa  274  6e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  61.21 
 
 
215 aa  272  2e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  61.9 
 
 
213 aa  271  6e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  60.75 
 
 
215 aa  271  6e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  61.14 
 
 
233 aa  270  9e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  61.4 
 
 
264 aa  270  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  9.20323e-09  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  61.61 
 
 
217 aa  270  1e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  61.61 
 
 
217 aa  269  2e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  61.14 
 
 
217 aa  269  3e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  60.75 
 
 
215 aa  268  3e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  59.52 
 
 
212 aa  266  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  6.50219e-08  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2019  hypothetical protein  60.66 
 
 
217 aa  265  3e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1418  radical SAM family protein  60.28 
 
 
215 aa  265  6e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  60 
 
 
216 aa  258  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  60 
 
 
216 aa  257  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  56.67 
 
 
212 aa  257  8e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  60.95 
 
 
223 aa  256  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  63.38 
 
 
215 aa  254  9e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  55.71 
 
 
213 aa  253  1e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  55.71 
 
 
213 aa  253  1e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  58.37 
 
 
234 aa  251  8e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  57.82 
 
 
227 aa  237  8e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  57.35 
 
 
232 aa  234  8e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36610  Radical SAM protein  60.42 
 
 
193 aa  231  4e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506067  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  50.44 
 
 
245 aa  226  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  49.56 
 
 
244 aa  222  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  49.56 
 
 
244 aa  218  6e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  49.51 
 
 
215 aa  197  1e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1979  radical SAM domain-containing protein  48.82 
 
 
223 aa  195  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  47.32 
 
 
210 aa  191  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  47.37 
 
 
212 aa  191  8e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  46.83 
 
 
210 aa  189  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  46.83 
 
 
210 aa  188  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  46.83 
 
 
210 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1766  Radical SAM domain protein  45.97 
 
 
220 aa  186  2e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.988544  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0505  radical activating enzyme, putative  45.5 
 
 
226 aa  182  2e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.759738  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  42.79 
 
 
210 aa  178  5e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2280  Radical SAM domain protein  47.42 
 
 
223 aa  177  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.28532  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1879  Radical SAM domain protein  45.37 
 
 
223 aa  175  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00268762 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0430  radical activating enzyme, putative  45.5 
 
 
223 aa  174  8e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  44.34 
 
 
226 aa  171  7e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1702  Radical SAM domain protein  42.79 
 
 
222 aa  168  7e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.86531  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  41.75 
 
 
211 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  40.09 
 
 
209 aa  159  4e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  42.65 
 
 
202 aa  150  1e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  38.61 
 
 
202 aa  140  2e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  34.76 
 
 
225 aa  139  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  39.71 
 
 
202 aa  136  3e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  37.68 
 
 
234 aa  133  2e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  37.56 
 
 
202 aa  113  2e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1950  Radical SAM domain protein  37.33 
 
 
253 aa  113  2e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 
230 aa  95.1  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  40.2 
 
 
220 aa  92  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  34.4 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 
208 aa  89  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29591  putative organic radical activating protein  31.4 
 
 
226 aa  87.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  31.8 
 
 
216 aa  86.7  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
210 aa  87  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  30.88 
 
 
195 aa  87  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
216 aa  87.4  2e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 
258 aa  85.1  7e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  39.01 
 
 
260 aa  84.7  9e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  30.25 
 
 
258 aa  83.6  2e-15  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  33.33 
 
 
251 aa  80.9  1e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1715  organic radical activating enzyme  30.68 
 
 
205 aa  80.9  2e-14  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0221743  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4183  radical SAM domain-containing protein  31.49 
 
 
235 aa  79  5e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  8.10213e-05  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  41.12 
 
 
231 aa  79  5e-14  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0642  radical SAM domain-containing protein  31.96 
 
 
216 aa  78.6  6e-14  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  31.72 
 
 
246 aa  77.8  1e-13  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  27.94 
 
 
193 aa  75.9  4e-13  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  29.27 
 
 
205 aa  75.9  4e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  37.5 
 
 
210 aa  76.3  4e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  39.05 
 
 
274 aa  75.9  4e-13  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  29.27 
 
 
205 aa  75.5  5e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  38.33 
 
 
210 aa  75.5  5e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2049  radical activating enzyme  30.93 
 
 
222 aa  75.1  7e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.341171  normal  0.258883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1571  hypothetical protein  30.53 
 
 
211 aa  75.1  8e-13  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.794785 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1783  putative organic radical activating protein  26.46 
 
 
225 aa  74.7  1e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.644545  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  36.67 
 
 
210 aa  73.6  2e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  36.67 
 
 
210 aa  73.6  2e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3149  hypothetical protein  29.96 
 
 
210 aa  73.9  2e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.105264  normal  0.179882 
 
 
-
 
NC_002950  PG1057  hypothetical protein  32.57 
 
 
197 aa  73.9  2e-12  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0622294 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  36.67 
 
 
210 aa  73.6  2e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 
210 aa  72.8  3e-12  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1332  hypothetical protein  31.6 
 
 
206 aa  73.2  3e-12  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1848  hypothetical protein  30.97 
 
 
211 aa  73.2  3e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361359  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  45.19 
 
 
235 aa  72.4  4e-12  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2236  organic radical activating protein  30.43 
 
 
205 aa  72.8  4e-12  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  37.14 
 
 
280 aa  72  6e-12  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 
210 aa  72  6e-12  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2045  radical SAM family protein  30.29 
 
 
235 aa  72  6e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  26.92 
 
 
209 aa  72  7e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.465455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>