70 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ppha_0014  CDS  NC_011060  15033  15968  936  preprotein translocase subunit SecF  YP_002016990  decreased coverage  0.00246116  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0035  CDS  NC_011060  32299  33480  1182  heterodisulfide reductase, putative  YP_002017009  decreased coverage  0.000417872  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0036  CDS  NC_011060  33575  35827  2253  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  YP_002017010  decreased coverage  0.00274533  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0148  CDS  NC_011060  156658  157110  453  TPR repeat-containing protein  YP_002017111  decreased coverage  0.00197515  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0149  CDS  NC_011060  157132  158760  1629  hydroxylamine reductase  YP_002017112  decreased coverage  0.00268758  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0225  CDS  NC_011060  217743  218207  465  peptidoglycan-associated lipoprotein  YP_002017179  decreased coverage  1.20265e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0226  CDS  NC_011060  218314  219063  750  surface antigen msp4 family protein  YP_002017180  decreased coverage  4.60026e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0234  CDS  NC_011060  226631  227092  462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  YP_002017188  decreased coverage  0.000166593  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0235  CDS  NC_011060  227089  228186  1098  glycosyl transferase group 1  YP_002017189  decreased coverage  8.57963e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0284  CDS  NC_011060  283065  283475  411  30S ribosomal protein S12  YP_002017234  decreased coverage  3.09063e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0285  CDS  NC_011060  283506  283973  468  30S ribosomal protein S7  YP_002017235  decreased coverage  3.25216e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0286  CDS  NC_011060  284014  286128  2115  elongation factor G  YP_002017236  decreased coverage  0.00220543  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0325  CDS  NC_011060  310211  311818  1608  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  YP_002017275  decreased coverage  0.00842285  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0374  CDS  NC_011060  358167  358376  210  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_002017320  decreased coverage  3.81403e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0380  CDS  NC_011060  364612  365793  1182  secretion protein HlyD family protein  YP_002017326  decreased coverage  0.000127057  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0427  CDS  NC_011060  410565  411854  1290  transcription termination factor Rho  YP_002017370  decreased coverage  0.000196448  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0453  CDS  NC_011060  440029  441846  1818  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_002017396  decreased coverage  0.00199569  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0457  CDS  NC_011060  443787  445025  1239  rod shape-determining protein RodA  YP_002017400  decreased coverage  0.00336208  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0563  CDS  NC_011060  549913  550173  261  methyltransferase domain protein  YP_002017493  decreased coverage  9.31916e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0564    NC_011060  550291  551695  1405      decreased coverage  0.00401802  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0568  CDS  NC_011060  554032  555000  969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_002017497  decreased coverage  0.000335133  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0628  CDS  NC_011060  603068  605908  2841  excinuclease ABC, A subunit  YP_002017545  decreased coverage  0.00420519  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0642  CDS  NC_011060  658936  659619  684  hypothetical protein  YP_002017558  decreased coverage  8.75739e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0643  CDS  NC_011060  659918  660415  498  hypothetical protein  YP_002017559  decreased coverage  6.47566e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0757  CDS  NC_011060  788309  788749  441  hypothetical protein  YP_002017666  decreased coverage  0.0082661  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0766  CDS  NC_011060  799322  800089  768  hypothetical protein  YP_002017675  decreased coverage  0.00180926  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0814  CDS  NC_011060  850535  851392  858  sulfur oxidation protein SoxA  YP_002017721  decreased coverage  0.00022188  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_0899  CDS  NC_011060  937799  938107  309  addiction module killer protein  YP_002017803  decreased coverage  7.89076e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1016  CDS  NC_011060  1051394  1052770  1377  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  YP_002017917  decreased coverage  0.000175531  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1032  CDS  NC_011060  1066251  1066688  438  hypothetical protein  YP_002017933  decreased coverage  0.000219534  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1041  CDS  NC_011060  1074299  1076011  1713  transposase IS4 family protein  YP_002017940  decreased coverage  0.00324527  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1163  CDS  NC_011060  1214960  1215982  1023  NmrA family protein  YP_002018055  decreased coverage  0.00319088  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1164  CDS  NC_011060  1216120  1216911  792  band 7 protein  YP_002018056  decreased coverage  0.00105644  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1174  CDS  NC_011060  1228661  1228996  336  hypothetical protein  YP_002018066  decreased coverage  3.70902e-07  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1190  CDS  NC_011060  1241593  1242504  912  Transketolase domain protein  YP_002018080  decreased coverage  0.00778844  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1281  CDS  NC_011060  1340421  1341584  1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  YP_002018163  decreased coverage  9.59286e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1389  CDS  NC_011060  1452971  1453609  639  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_002018269  decreased coverage  0.00377993  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1420  CDS  NC_011060  1478210  1480639  2430  TPR repeat-containing protein  YP_002018296  decreased coverage  0.00128456  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1520  CDS  NC_011060  1601127  1602707  1581  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  YP_002018386  decreased coverage  0.0002199  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1521  CDS  NC_011060  1602800  1603987  1188  arsenite-activated ATPase ArsA  YP_002018387  decreased coverage  0.00129827  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1523  CDS  NC_011060  1606058  1606789  732  tRNA pseudouridine synthase A  YP_002018389  decreased coverage  0.000575068  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1568  CDS  NC_011060  1658015  1659940  1926  Oxaloacetate decarboxylase  YP_002018429  decreased coverage  0.00759156  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1574  CDS  NC_011060  1666707  1667576  870  N-acylneuraminate-9-phosphate synthase  YP_002018435  decreased coverage  3.0231e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1618    NC_011060  1706840  1706929  90      decreased coverage  0.00671967  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1619  CDS  NC_011060  1706963  1707196  234  hypothetical protein  YP_002018473  decreased coverage  0.00951066  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1649  CDS  NC_011060  1739894  1740076  183  50S ribosomal protein L33  YP_002018503  decreased coverage  2.48156e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1678  CDS  NC_011060  1786170  1786829  660  phosphate uptake regulator, PhoU  YP_002018531  decreased coverage  0.00615654  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1684  CDS  NC_011060  1791913  1792575  663  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  YP_002018537  decreased coverage  2.56212e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1755  CDS  NC_011060  1854413  1855573  1161  Cytochrome-c peroxidase  YP_002018604  decreased coverage  0.000138624  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1790  CDS  NC_011060  1890920  1892419  1500  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  YP_002018639  decreased coverage  0.00154566  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1823  CDS  NC_011060  1923919  1925817  1899  ABC transporter related  YP_002018671  decreased coverage  0.00644209  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1829  CDS  NC_011060  1931929  1932798  870  inner-membrane translocator  YP_002018677  decreased coverage  4.86818e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1917  CDS  NC_011060  2009275  2009700  426  hypothetical protein  YP_002018756  decreased coverage  0.000207815  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_1919  CDS  NC_011060  2011098  2012225  1128  homocitrate synthase  YP_002018758  decreased coverage  0.00307593  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2020  CDS  NC_011060  2112068  2112250  183  hypothetical protein  YP_002018848  decreased coverage  0.00517023  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2057  CDS  NC_011060  2148378  2148884  507  NUDIX hydrolase  YP_002018881  decreased coverage  1.69928e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2091  CDS  NC_011060  2175670  2178081  2412  phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_002018915  decreased coverage  0.00819338  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2161  CDS  NC_011060  2243989  2245311  1323  WD40 domain protein beta Propeller  YP_002018981  decreased coverage  4.1437e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2209  CDS  NC_011060  2291393  2292634  1242  putative transcriptional regulator  YP_002019024  decreased coverage  8.25903e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2210    NC_011060  2292688  2292759  72      decreased coverage  1.04272e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2211  CDS  NC_011060  2292986  2293612  627  hypothetical protein  YP_002019025  decreased coverage  1.04143e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2332  CDS  NC_011060  2407430  2407939  510  hypothetical protein  YP_002019144  decreased coverage  5.03232e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2352  CDS  NC_011060  2435487  2436353  867  elongation factor Ts  YP_002019162  decreased coverage  0.000872397  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2572  CDS  NC_011060  2639599  2639841  243  bacteriochlorophyll C binding protein  YP_002019351  decreased coverage  0.000646673  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2629  CDS  NC_011060  2719844  2720923  1080  helix-turn-helix domain protein  YP_002019406  decreased coverage  4.86694e-05  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2663  CDS  NC_011060  2748437  2748700  264  hypothetical protein  YP_002019439  decreased coverage  5.08651e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2701  CDS  NC_011060  2791270  2793150  1881  DNA mismatch repair protein MutL  YP_002019476  decreased coverage  0.00383046  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2869  CDS  NC_011060  2953674  2954903  1230  DNA-cytosine methyltransferase  YP_002019632  decreased coverage  7.58151e-06  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_2900  CDS  NC_011060  2987758  2988189  432  hypothetical protein  YP_002019660  decreased coverage  0.000636857  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Ppha_R0013  tRNA  NC_011060  198415  198486  72  tRNA-Asn    decreased coverage  0.00468588  n/a    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>